More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0558 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 
817 aa  1664    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  49.02 
 
 
783 aa  731    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  36.43 
 
 
721 aa  456  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 
710 aa  459  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  37.03 
 
 
713 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  37.36 
 
 
704 aa  442  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  34.94 
 
 
717 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 
716 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  38.05 
 
 
724 aa  433  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  33.72 
 
 
771 aa  363  7.0000000000000005e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  30.73 
 
 
849 aa  294  4e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  32.68 
 
 
697 aa  273  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 
700 aa  259  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  28.8 
 
 
713 aa  253  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 
704 aa  251  5e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 
738 aa  250  7e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 
809 aa  242  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
721 aa  241  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 
718 aa  241  5e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 
723 aa  233  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 
701 aa  227  6e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 
723 aa  223  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
725 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 
725 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
701 aa  221  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 
725 aa  222  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 
725 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 
723 aa  219  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
723 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 
739 aa  211  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  27.62 
 
 
813 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  28.07 
 
 
839 aa  208  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  28.15 
 
 
816 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  26.8 
 
 
843 aa  201  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 
753 aa  196  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 
709 aa  189  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  26.99 
 
 
714 aa  187  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  26.43 
 
 
812 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 
728 aa  183  9.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 
716 aa  180  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  24.9 
 
 
755 aa  155  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 
751 aa  147  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 
758 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  25.68 
 
 
726 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  25.68 
 
 
726 aa  134  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  25.78 
 
 
726 aa  133  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  32.21 
 
 
332 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  24.17 
 
 
745 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  24.03 
 
 
745 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  23.89 
 
 
745 aa  127  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  25.42 
 
 
732 aa  125  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3233  TonB-dependent siderophore receptor  36.21 
 
 
907 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000192727  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  24.69 
 
 
732 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  24.96 
 
 
723 aa  120  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  24.62 
 
 
733 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  31.05 
 
 
723 aa  108  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1729  TonB-dependent siderophore receptor  32.38 
 
 
852 aa  108  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.411333 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  34.36 
 
 
808 aa  105  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  29.54 
 
 
812 aa  104  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  34.36 
 
 
817 aa  104  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
698 aa  104  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  34.36 
 
 
808 aa  104  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  33.16 
 
 
764 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 
698 aa  102  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  32.99 
 
 
742 aa  101  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  34.44 
 
 
746 aa  99.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0816  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 
816 aa  98.2  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0766  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
763 aa  95.5  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0590392  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0685  TonB-dependent siderophore receptor  29.26 
 
 
781 aa  92.4  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00630295  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  30.91 
 
 
747 aa  90.9  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07040  ferrichrome-iron receptor  31.76 
 
 
808 aa  90.9  9e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4298  TonB-dependent siderophore receptor  30.74 
 
 
824 aa  90.1  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.742577  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  29.32 
 
 
776 aa  90.1  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2119  TonB-dependent siderophore receptor  34.31 
 
 
810 aa  89.7  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0975  TonB-dependent siderophore receptor  33.04 
 
 
806 aa  87.8  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.608799  normal  0.162482 
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  30.34 
 
 
833 aa  87.4  8e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2844  TonB-dependent siderophore receptor  29.39 
 
 
782 aa  87.4  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350592  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5755  TonB-dependent siderophore receptor  28.95 
 
 
793 aa  86.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1744  TonB-dependent receptor plug  31.75 
 
 
1092 aa  86.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.196303  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  30.77 
 
 
861 aa  85.1  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  30.23 
 
 
848 aa  85.1  0.000000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5092  TonB-dependent receptor plug  28.65 
 
 
988 aa  85.1  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303703  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  31.8 
 
 
828 aa  85.1  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  28.32 
 
 
769 aa  84.7  0.000000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 
734 aa  84.7  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1761  TonB-dependent siderophore receptor  26.55 
 
 
769 aa  83.2  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00472024  normal  0.310787 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3497  TonB-dependent receptor plug  29.55 
 
 
1036 aa  82.8  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.124606  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3031  TonB-dependent receptor plug  30.71 
 
 
1022 aa  83.2  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.258909  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4176  TonB-dependent receptor plug  30.77 
 
 
1086 aa  83.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.83694  normal  0.0436959 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  29.65 
 
 
760 aa  83.2  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0668  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 
757 aa  82.4  0.00000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.217902 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  30 
 
 
893 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0615  TonB-dependent receptor plug  26.92 
 
 
1098 aa  82  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  23.8 
 
 
711 aa  80.5  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1601  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 
1055 aa  80.5  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.709185 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0405  TonB-dependent receptor plug  30.57 
 
 
1011 aa  80.5  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000611509  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3220  TonB-dependent receptor plug  30.33 
 
 
1115 aa  79.7  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1897  TonB-dependent receptor plug  27.39 
 
 
1102 aa  80.1  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.734415  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0199  TonB-dependent siderophore receptor  26.48 
 
 
810 aa  79.7  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.286371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4805  TonB-dependent siderophore receptor  25.86 
 
 
791 aa  80.1  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0410465  normal  0.0531231 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>