More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0468 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0468  GTP cyclohydrolase I  100 
 
 
214 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00942975  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1006  GTP cyclohydrolase I  72.38 
 
 
241 aa  332  2e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.53094 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0955  GTP cyclohydrolase  70 
 
 
229 aa  330  1e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.14078  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1333  GTP cyclohydrolase I  71.29 
 
 
227 aa  326  1.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848552 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1059  GTP cyclohydrolase  66.82 
 
 
239 aa  322  2e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.479491 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2270  GTP cyclohydrolase I  61.79 
 
 
223 aa  290  1e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.759649  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00785  GTP cyclohydrolase I  60.56 
 
 
225 aa  285  2.9999999999999996e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0055  GTP cyclohydrolase I  60.29 
 
 
223 aa  280  1e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000481  GTP cyclohydrolase I type 1  54.31 
 
 
217 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582087  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06235  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
217 aa  218  7.999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0558  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
230 aa  216  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02082  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228252  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1505  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2300  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.014502 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0813  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1495  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2449  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3287  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.655724  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02041  hypothetical protein  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.205869  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2287  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
222 aa  211  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2384  GTP cyclohydrolase I  52.79 
 
 
222 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2428  GTP cyclohydrolase I  52.79 
 
 
222 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.821616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2542  GTP cyclohydrolase I  52.79 
 
 
222 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  normal  0.157886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2432  GTP cyclohydrolase I  52.79 
 
 
222 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.363143  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2339  GTP cyclohydrolase I  52.79 
 
 
222 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2753  GTP cyclohydrolase I  51.78 
 
 
222 aa  209  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2405  GTP cyclohydrolase I  53 
 
 
222 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.626916  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2568  GTP cyclohydrolase I  52.24 
 
 
220 aa  203  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3014  GTP cyclohydrolase I  52.24 
 
 
220 aa  203  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228937 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2470  GTP cyclohydrolase I  52.24 
 
 
220 aa  203  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4566  GTP cyclohydrolase I  53.03 
 
 
219 aa  203  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000235543 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1560  GTP cyclohydrolase I  52.28 
 
 
221 aa  202  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3602  GTP cyclohydrolase I  52.28 
 
 
216 aa  202  4e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0354  GTP cyclohydrolase I  52.28 
 
 
216 aa  202  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3775  GTP cyclohydrolase I  52.28 
 
 
216 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.86022 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0321  GTP cyclohydrolase I  53.81 
 
 
217 aa  201  5e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0322  GTP cyclohydrolase I  52 
 
 
216 aa  201  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0380  GTP cyclohydrolase I  50.25 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000683928 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0383  GTP cyclohydrolase I  50.76 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0244609 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0372  GTP cyclohydrolase I  50.76 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4254  GTP cyclohydrolase I  51.27 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0371  GTP cyclohydrolase I  50.76 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0397  GTP cyclohydrolase I  50.76 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000172091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0458  GTP cyclohydrolase I  50.76 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0467391  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0910  GTP cyclohydrolase I  49 
 
 
218 aa  199  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.834078  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3162  GTP cyclohydrolase I  52.02 
 
 
222 aa  199  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3286  GTP cyclohydrolase I  48.31 
 
 
227 aa  198  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00675  GTP cyclohydrolase I  49.75 
 
 
227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3486  GTP cyclohydrolase I  51.01 
 
 
214 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3834  GTP cyclohydrolase I  52.79 
 
 
216 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3842  GTP cyclohydrolase I  50.51 
 
 
219 aa  195  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2306  GTP cyclohydrolase I  52.5 
 
 
222 aa  182  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1670  GTP cyclohydrolase I  52 
 
 
220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.731499  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1941  GTP cyclohydrolase I  52 
 
 
220 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0853389  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0394  GTP cyclohydrolase I  48.5 
 
 
220 aa  176  2e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.457978  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1933  GTP cyclohydrolase I  46.6 
 
 
217 aa  162  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669415  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1274  GTP cyclohydrolase I  43.96 
 
 
185 aa  159  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000261815  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1096  GTP cyclohydrolase I  43.65 
 
 
185 aa  158  6e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00097331  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0594  GTP cyclohydrolase I  45.65 
 
 
190 aa  157  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0193  GTP cyclohydrolase I  43.58 
 
 
220 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0703  GTP cyclohydrolase I  43.33 
 
 
200 aa  157  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.659577 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2980  GTP cyclohydrolase I  47.06 
 
 
185 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000239263  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1116  GTP cyclohydrolase I  46.07 
 
 
187 aa  156  3e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0977  GTP cyclohydrolase I  44.75 
 
 
207 aa  154  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.901691  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1233  GTP cyclohydrolase I  43.78 
 
 
186 aa  153  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1408  GTP cyclohydrolase I  45.51 
 
 
192 aa  153  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0190569  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1048  GTP cyclohydrolase I  47.16 
 
 
187 aa  153  2e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1075  GTP cyclohydrolase I  44.77 
 
 
213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.76008  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1041  GTP cyclohydrolase I  44.77 
 
 
213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.25698  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4743  GTP cyclohydrolase I  41.36 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.449289  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0553  GTP cyclohydrolase I  47.43 
 
 
188 aa  152  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0121  GTP cyclohydrolase I  45.41 
 
 
189 aa  152  4e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.952569  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0625  GTP cyclohydrolase I  41.58 
 
 
193 aa  152  5e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.497078 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4307  GTP cyclohydrolase I  41.36 
 
 
219 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0466  GTP cyclohydrolase I  45.36 
 
 
188 aa  151  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2103  GTP cyclohydrolase I  40.74 
 
 
200 aa  150  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0408  GTP cyclohydrolase  43.72 
 
 
185 aa  150  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.503604  normal  0.0142935 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4149  GTP cyclohydrolase I  42.93 
 
 
210 aa  149  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0266568 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3446  GTP cyclohydrolase I  43.96 
 
 
194 aa  149  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0793851  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0205  GTP cyclohydrolase I  43.58 
 
 
200 aa  149  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.224052 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1638  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00226958  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1421  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0305505  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1393  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000458724  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1393  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000162982  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1567  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.293736  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1605  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212521 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3778  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00543423  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1435  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0775791  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1532  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0324228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1674  GTP cyclohydrolase I  43.09 
 
 
189 aa  148  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000600048  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6956  GTP cyclohydrolase I  41.71 
 
 
195 aa  147  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.837765  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0242  GTP cyclohydrolase I  41.09 
 
 
206 aa  147  9e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.850043 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1758  GTP cyclohydrolase I  42.86 
 
 
187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0811  GTP cyclohydrolase I  42.08 
 
 
188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000676289  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0617  GTP cyclohydrolase I  43.82 
 
 
206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1363  GTP cyclohydrolase I  46.74 
 
 
188 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.0760374 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8425  GTP cyclohydrolase I  41.3 
 
 
234 aa  146  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0152  GTP cyclohydrolase  45.36 
 
 
214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1694  GTP cyclohydrolase I  44.63 
 
 
195 aa  146  2.0000000000000003e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4504  GTP cyclohydrolase I  43.01 
 
 
210 aa  145  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>