More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0318 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
372 aa  763  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  73.02 
 
 
371 aa  528  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  69.5 
 
 
358 aa  483  1e-135  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  56.81 
 
 
360 aa  377  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  53.67 
 
 
359 aa  367  1e-100  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  53.82 
 
 
378 aa  360  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  54.09 
 
 
363 aa  356  3e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  55.33 
 
 
378 aa  356  4e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  55.39 
 
 
359 aa  355  6e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  53.78 
 
 
385 aa  353  4e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  53.35 
 
 
376 aa  351  9e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  52.22 
 
 
365 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  53.8 
 
 
375 aa  350  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  50.42 
 
 
357 aa  350  3e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  54.55 
 
 
354 aa  349  4e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  52.63 
 
 
360 aa  349  5e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  54.81 
 
 
359 aa  349  6e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  51.09 
 
 
363 aa  348  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  51.91 
 
 
380 aa  347  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  54.71 
 
 
368 aa  346  4e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  51.32 
 
 
359 aa  346  5e-94  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  55.19 
 
 
353 aa  345  5e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  52.2 
 
 
373 aa  343  3e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  54.87 
 
 
396 aa  343  3e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  52.15 
 
 
381 aa  342  5e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  53.1 
 
 
355 aa  341  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  51.33 
 
 
359 aa  338  7e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  54.6 
 
 
373 aa  336  3e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  50.58 
 
 
371 aa  333  4e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  50.29 
 
 
369 aa  330  2e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  49.56 
 
 
364 aa  327  2e-88  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  47.22 
 
 
374 aa  326  5e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  46.4 
 
 
364 aa  322  9e-87  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  47.54 
 
 
378 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  3.1101e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  47.54 
 
 
378 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  44.54 
 
 
367 aa  319  5e-86  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  46.01 
 
 
360 aa  309  4e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  48.2 
 
 
352 aa  306  5e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
359 aa  303  3e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  48.13 
 
 
369 aa  301  8e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  47.8 
 
 
359 aa  301  8e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  47.51 
 
 
359 aa  301  9e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  45.38 
 
 
354 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  47.65 
 
 
353 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  47.65 
 
 
364 aa  300  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  47.28 
 
 
360 aa  300  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  46.59 
 
 
372 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  47.21 
 
 
359 aa  299  5e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  45.41 
 
 
354 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  47.09 
 
 
354 aa  298  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  48.53 
 
 
379 aa  296  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  47.35 
 
 
356 aa  296  3e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  45.65 
 
 
354 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  45.65 
 
 
354 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  48.09 
 
 
355 aa  295  6e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
359 aa  295  8e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  46.78 
 
 
357 aa  295  8e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  47.65 
 
 
358 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  46.09 
 
 
356 aa  294  2e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
358 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
358 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
358 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  44.25 
 
 
352 aa  291  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  45.17 
 
 
356 aa  291  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  46.76 
 
 
359 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  43.06 
 
 
350 aa  290  3e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  45.45 
 
 
358 aa  289  4e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.35845e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  47.95 
 
 
349 aa  288  9e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  45.93 
 
 
418 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  45.43 
 
 
418 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  44.1 
 
 
357 aa  287  3e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  45.93 
 
 
418 aa  286  3e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  46.9 
 
 
356 aa  285  7e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  44.02 
 
 
399 aa  285  8e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  46.63 
 
 
351 aa  285  9e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.32449 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  46.33 
 
 
351 aa  283  3e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  46.33 
 
 
351 aa  283  3e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  46.33 
 
 
351 aa  283  3e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
353 aa  283  3e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  46.33 
 
 
351 aa  283  3e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  46.33 
 
 
351 aa  283  4e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  46.33 
 
 
351 aa  283  4e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  43.8 
 
 
353 aa  283  5e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  45.56 
 
 
349 aa  283  5e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  46.33 
 
 
351 aa  283  5e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  45.16 
 
 
351 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  44.63 
 
 
358 aa  281  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  44.8 
 
 
352 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  45.16 
 
 
351 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 
358 aa  281  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  2.47622e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  45.16 
 
 
351 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  43.95 
 
 
357 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  46.31 
 
 
354 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  45.16 
 
 
351 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  42.7 
 
 
399 aa  279  5e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  44.87 
 
 
351 aa  279  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  3.60383e-06 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  48.83 
 
 
352 aa  279  6e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  43.66 
 
 
357 aa  279  7e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  42.53 
 
 
352 aa  278  8e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  43.02 
 
 
362 aa  278  9e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>