More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0260 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.46 
 
 		 1309 aa  645    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5573  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.66 
 
 		 1203 aa  720    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.805596  normal  0.315829 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1287 aa  2670    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  53.31 
 
 		 1179 aa  566  1e-160  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0141  Hpt sensor hybrid histidine kinase  55.25 
 
 		 778 aa  558  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4954  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.81 
 
 		 1016 aa  520  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0561599 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1083  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.79 
 
 		 887 aa  428  1e-118  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.240403  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.47 
 
 		 1442 aa  411  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.6 
 
 		 1266 aa  405  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 		 1202 aa  405  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.4 
 
 		 1768 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.85 
 
 		 1765 aa  396  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 		 1767 aa  391  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.22 
 
 		 1363 aa  390  1e-107  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 1611 aa  389  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 		 1767 aa  390  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.92 
 
 		 1767 aa  390  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  33.15 
 
 		 1765 aa  386  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.18 
 
 		 1267 aa  383  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 		 916 aa  382  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  36.47 
 
 		 1135 aa  383  1e-104  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.41 
 
 		 1245 aa  381  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  33.98 
 
 		 1763 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.92 
 
 		 2654 aa  377  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 		 1771 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.68 
 
 		 1245 aa  375  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.35 
 
 		 812 aa  372  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 		 1548 aa  371  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 		 913 aa  370  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.64 
 
 		 1369 aa  368  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.01 
 
 		 1622 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 		 1784 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2218  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.52 
 
 		 1070 aa  367  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0765203 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 		 1782 aa  366  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 		 1326 aa  365  2e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 1792 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  39.36 
 
 		 1683 aa  363  8e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.89 
 
 		 2213 aa  363  8e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 		 1090 aa  363  1e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 		 1786 aa  362  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.8 
 
 		 1582 aa  361  6e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 		 1069 aa  360  9.999999999999999e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.4 
 
 		 1118 aa  359  1.9999999999999998e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 		 1310 aa  359  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.97 
 
 		 1603 aa  355  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  38.84 
 
 		 977 aa  355  2.9999999999999997e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.72 
 
 		 1165 aa  352  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.33 
 
 		 1333 aa  347  8.999999999999999e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.71 
 
 		 929 aa  345  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 1040 aa  345  5e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 		 1788 aa  343  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  31.94 
 
 		 2035 aa  343  1e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  38.45 
 
 		 1177 aa  342  2.9999999999999998e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 		 1284 aa  342  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.8 
 
 		 1234 aa  342  4e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.59 
 
 		 816 aa  342  4e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 		 1240 aa  342  4e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  39.77 
 
 		 1053 aa  340  8e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 		 1230 aa  340  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 		 1128 aa  340  9.999999999999999e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  39.96 
 
 		 1188 aa  339  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 		 1238 aa  339  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 		 1238 aa  339  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 1234 aa  339  2.9999999999999997e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 		 1238 aa  338  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  35.1 
 
 		 1200 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1245 aa  337  5.999999999999999e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3502  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 		 1236 aa  338  5.999999999999999e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 1433 aa  337  7e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  35.16 
 
 		 1030 aa  337  7.999999999999999e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  37.27 
 
 		 1014 aa  337  9e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 		 1236 aa  337  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 		 1236 aa  337  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 1238 aa  336  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 		 1236 aa  336  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  39.27 
 
 		 847 aa  334  8e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 		 1275 aa  333  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.81 
 
 		 1397 aa  333  1e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  33.58 
 
 		 1322 aa  332  3e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.76 
 
 		 1331 aa  332  3e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.83 
 
 		 1499 aa  332  4e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 1009 aa  332  4e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.04 
 
 		 1659 aa  331  4e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.78 
 
 		 921 aa  331  5.0000000000000004e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 		 1643 aa  330  1.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.32 
 
 		 833 aa  329  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 		 770 aa  329  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4715  multi-sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 		 1350 aa  328  4.0000000000000003e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.726459  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.15 
 
 		 1313 aa  328  4.0000000000000003e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.27 
 
 		 1255 aa  327  7e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 		 1131 aa  327  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 1340 aa  326  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  33.11 
 
 		 1236 aa  325  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 		 957 aa  324  6e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 1820 aa  323  1.9999999999999998e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4113  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 		 801 aa  322  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0059237 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02212  Signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 		 1054 aa  322  3.9999999999999996e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 		 758 aa  321  5e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.76 
 
 		 1172 aa  321  6e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  36.5 
 
 		 1346 aa  321  6e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>