235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0225 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0225  30S ribosomal protein S20  100 
 
 
87 aa  170  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477404  normal  0.0381808 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0819  30S ribosomal protein S20  71.08 
 
 
84 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1851  30S ribosomal protein S20  71.43 
 
 
85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153363  hitchhiker  0.000963738 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0524  ribosomal protein S20  68.6 
 
 
88 aa  114  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000452156  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01050  30S ribosomal protein S20  65.06 
 
 
82 aa  100  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4938  30S ribosomal protein S20  66.27 
 
 
83 aa  99.8  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0100  30S ribosomal protein S20  61.45 
 
 
83 aa  98.2  4e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1511  30S ribosomal protein S20  60.71 
 
 
85 aa  97.1  7e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1723  30S ribosomal protein S20  53.57 
 
 
84 aa  83.2  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0306  ribosomal protein S20  51.19 
 
 
84 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000000167926  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6841  ribosomal protein S20  51.19 
 
 
84 aa  77.4  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.600797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  44.83 
 
 
87 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7071  ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  66.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595098  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1740  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
86 aa  63.9  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632163  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
87 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058734  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17390  SSU ribosomal protein S20P  44.58 
 
 
88 aa  62  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3443  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  41.86 
 
 
86 aa  62  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13310  SSU ribosomal protein S20P  43.02 
 
 
86 aa  61.2  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.153651 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1556  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
86 aa  60.5  0.000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1854  SSU ribosomal protein S20P  43.68 
 
 
87 aa  60.1  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.997447 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12440  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
86 aa  60.1  0.000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2800  ribosomal protein S20  43.02 
 
 
86 aa  59.7  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.207865  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3510  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
86 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3582  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
86 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0144899 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3522  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
86 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.824464  normal  0.131692 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2206  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.935236  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3035  30S ribosomal protein S20  41.57 
 
 
89 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.051603  normal  0.325405 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0756  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  58.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000125202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0771  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1207  ribosomal protein S20  40.7 
 
 
86 aa  57.8  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.872926  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2281  30S ribosomal protein S20  39.33 
 
 
90 aa  57.8  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0218498  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2207  ribosomal protein S20  40.7 
 
 
86 aa  57.4  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2223  ribosomal protein S20  40.7 
 
 
86 aa  57.8  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133967  normal  0.0102835 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3185  ribosomal protein S20  41.86 
 
 
86 aa  57.4  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0416  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 
87 aa  57  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000443906  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1552  ribosomal protein S20  40.48 
 
 
86 aa  56.6  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0324223  normal  0.177559 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  40.51 
 
 
87 aa  56.6  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  40.7 
 
 
88 aa  56.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2665  30S ribosomal protein S20  41.67 
 
 
86 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3912  30S ribosomal protein S20  43.21 
 
 
86 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 
88 aa  55.1  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 
88 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1979  ribosomal protein S20  39.33 
 
 
85 aa  54.7  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176977  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3424  SSU ribosomal protein S20P  37.78 
 
 
92 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1648  ribosomal protein S20  46.75 
 
 
87 aa  54.7  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.407525 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1685  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
87 aa  54.3  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.462249  normal  0.0272644 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0424  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
91 aa  53.9  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12640  SSU ribosomal protein S20P  39.53 
 
 
86 aa  53.9  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.464272  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3131  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  53.5  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000768382  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0827  SSU ribosomal protein S20P  38.37 
 
 
92 aa  53.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0352915  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2297  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000110534  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  38.64 
 
 
88 aa  53.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1145  30S ribosomal protein S20  37.97 
 
 
95 aa  53.5  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.576615  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0478  SSU ribosomal protein S20P  40.23 
 
 
88 aa  53.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.075192  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0389  30S ribosomal protein S20  41.86 
 
 
91 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.17035  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  43.53 
 
 
85 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  0.0000000000117943 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0917  30S ribosomal protein S20  40.7 
 
 
89 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2299  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  52  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00503928  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2014  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  52  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17380  SSU ribosomal protein S20P  38.37 
 
 
86 aa  52.8  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.573431  hitchhiker  0.00388054 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2318  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
87 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000431209  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
89 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5467  30S ribosomal protein S20  40.23 
 
 
88 aa  52.4  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4403  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4221  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000214767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4059  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.2501  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4069  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00157919  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4441  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000591712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4547  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4455  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000115322  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0776  SSU ribosomal protein S20P  37.66 
 
 
151 aa  52  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38047  normal  0.149543 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  36.78 
 
 
88 aa  51.6  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4344  30S ribosomal protein S20  42.35 
 
 
85 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153456 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  40.7 
 
 
86 aa  51.6  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000398649  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0047  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000872417  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000161385  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0947  30S ribosomal protein S20  37.21 
 
 
88 aa  51.2  0.000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000396831  normal  0.19884 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000542728  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1902  30S ribosomal protein S20  41.56 
 
 
77 aa  51.6  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000191113  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  41.38 
 
 
88 aa  51.6  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0047  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  51.2  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000090572  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  37.5 
 
 
88 aa  51.6  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  38.37 
 
 
87 aa  51.2  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
85 aa  51.2  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3844  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 
88 aa  50.4  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160691  hitchhiker  0.0019697 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4173  30S ribosomal protein S20  40 
 
 
85 aa  50.4  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124088  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3465  30S ribosomal protein S20  39.76 
 
 
88 aa  50.8  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1979  30S ribosomal protein S20  39.53 
 
 
86 aa  50.4  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000253249 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3203  30S ribosomal protein S20  37.78 
 
 
92 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1889  30S ribosomal protein S20  38.27 
 
 
86 aa  50.4  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1039  ribosomal protein S20  38.1 
 
 
115 aa  50.4  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000562255  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0531  30S ribosomal protein S20  40.91 
 
 
92 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3575  ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021535  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0026  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 
87 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000013085  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  37.97 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  38.37 
 
 
87 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  40.51 
 
 
88 aa  49.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773203  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3546  30S ribosomal protein S20  37.35 
 
 
89 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  37.97 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>