More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0076 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  100 
 
 		 228 aa  472  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  66.81 
 
 		 244 aa  315  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  58.56 
 
 		 225 aa  280  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  47.03 
 
 		 263 aa  224  9e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  48.73 
 
 		 241 aa  223  3e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  47.03 
 
 		 270 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 257 aa  214  9e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 257 aa  214  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 257 aa  214  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  47.44 
 
 		 250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  44.26 
 
 		 242 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  46.67 
 
 		 244 aa  211  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  46.36 
 
 		 256 aa  209  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  44.92 
 
 		 273 aa  208  5e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  44.92 
 
 		 648 aa  207  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 260 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  45.45 
 
 		 255 aa  206  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  47.11 
 
 		 265 aa  205  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  45.53 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  44.68 
 
 		 298 aa  205  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  44.07 
 
 		 266 aa  204  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 284 aa  204  9e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  44.49 
 
 		 278 aa  204  9e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  45.34 
 
 		 275 aa  203  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  46.4 
 
 		 261 aa  203  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  44.49 
 
 		 293 aa  202  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  43.64 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  48.66 
 
 		 252 aa  202  3e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  47.03 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  44.68 
 
 		 256 aa  202  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  43.64 
 
 		 258 aa  201  6e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  44.78 
 
 		 256 aa  201  7e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 285 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  44.92 
 
 		 261 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  46.46 
 
 		 235 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  47.27 
 
 		 260 aa  198  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  47.27 
 
 		 260 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  44.92 
 
 		 284 aa  197  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  44.49 
 
 		 284 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  44.49 
 
 		 284 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  46.82 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  46.82 
 
 		 260 aa  195  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  44.78 
 
 		 256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  46.82 
 
 		 260 aa  195  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  43.4 
 
 		 261 aa  195  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 287 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  43.64 
 
 		 252 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 287 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 245 aa  189  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 245 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  43.38 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  39.34 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  40.09 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  43.19 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.07 
 
 		 249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.3 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 258 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  41.31 
 
 		 268 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  41.31 
 
 		 268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  31.93 
 
 		 308 aa  121  8e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  36.32 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  35.32 
 
 		 200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.75 
 
 		 320 aa  119  3.9999999999999996e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  34.82 
 
 		 225 aa  118  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  118  9e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  35.45 
 
 		 222 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 560 aa  115  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  37.39 
 
 		 226 aa  115  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  36.12 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.49 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 311 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.9 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.93 
 
 		 311 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0671  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.32 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 339 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  30.83 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  32.13 
 
 		 229 aa  111  9e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.33 
 
 		 314 aa  111  9e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  29.46 
 
 		 309 aa  110  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>