More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0071 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 308 aa  640    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2943  helix-turn-helix domain-containing protein  59.31 
 
 		 307 aa  368  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0314532  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 309 aa  301  8.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2332  transcriptional regulator, AraC family  38.98 
 
 		 311 aa  216  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000141159  normal  0.457995 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 204 aa  86.3  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 513 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.45 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 256 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  32.08 
 
 		 537 aa  77.8  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 281 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 530 aa  76.6  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.58 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 359 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  27.61 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 255 aa  75.5  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  31.3 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  39.42 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 353 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  32.69 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  31.4 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2256  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  26.04 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  34.74 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  34.74 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.79 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  29.25 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  33.65 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  22.26 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  72.4  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 312 aa  72.4  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  72.4  0.000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 150 aa  71.6  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 515 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 276 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  32.32 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 267 aa  72  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  25.36 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  33.98 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  31.25 
 
 		 303 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 332 aa  72  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>