More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0033 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  84.06 
 
 		 414 aa  713    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 413 aa  824    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  70.57 
 
 		 418 aa  607  9.999999999999999e-173  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  66.83 
 
 		 411 aa  570  1e-161  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  64.06 
 
 		 411 aa  526  1e-148  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  61.69 
 
 		 415 aa  514  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  58.99 
 
 		 417 aa  495  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  58.95 
 
 		 410 aa  487  1e-136  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  55.69 
 
 		 410 aa  463  1e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  53.92 
 
 		 444 aa  438  9.999999999999999e-123  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  51.44 
 
 		 421 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  41.84 
 
 		 517 aa  273  6e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  42.35 
 
 		 527 aa  271  2e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  35.96 
 
 		 534 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  40.82 
 
 		 518 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  35.77 
 
 		 536 aa  263  4e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  38.46 
 
 		 521 aa  263  4e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  35.96 
 
 		 537 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  35.96 
 
 		 537 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  39.08 
 
 		 535 aa  262  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  40.56 
 
 		 553 aa  261  1e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  38.55 
 
 		 538 aa  261  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  39.31 
 
 		 513 aa  260  4e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  40.8 
 
 		 385 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  38.59 
 
 		 544 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  38.12 
 
 		 535 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  39.18 
 
 		 506 aa  257  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  38.46 
 
 		 514 aa  257  3e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  38.79 
 
 		 537 aa  256  4e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  37.85 
 
 		 533 aa  256  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  40.12 
 
 		 381 aa  255  8e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  38.81 
 
 		 532 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  38.51 
 
 		 552 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  40.61 
 
 		 506 aa  253  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  39.26 
 
 		 383 aa  253  3e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  40.3 
 
 		 536 aa  254  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  36.9 
 
 		 548 aa  253  5.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  40 
 
 		 560 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  34.78 
 
 		 534 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  37.34 
 
 		 449 aa  252  9.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  39.4 
 
 		 545 aa  250  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  35.02 
 
 		 544 aa  250  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  39.7 
 
 		 544 aa  249  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  34.94 
 
 		 535 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  34.94 
 
 		 535 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  39.4 
 
 		 545 aa  249  8e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  39.4 
 
 		 545 aa  249  8e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  38.51 
 
 		 572 aa  249  8e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  36.13 
 
 		 536 aa  248  9e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  38.53 
 
 		 404 aa  248  1e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  35.55 
 
 		 441 aa  248  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  38.34 
 
 		 383 aa  247  2e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  36.49 
 
 		 540 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  38.34 
 
 		 382 aa  247  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  37.98 
 
 		 377 aa  247  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  36.91 
 
 		 538 aa  247  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  35.92 
 
 		 538 aa  246  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  36.13 
 
 		 537 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  36.49 
 
 		 541 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  38.31 
 
 		 385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  35.84 
 
 		 537 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  38.19 
 
 		 516 aa  246  6e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  36.71 
 
 		 539 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  39.39 
 
 		 523 aa  246  6.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  34.98 
 
 		 538 aa  245  8e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  38.3 
 
 		 440 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  37.32 
 
 		 401 aa  243  5e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  38.04 
 
 		 406 aa  242  9e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  38.87 
 
 		 365 aa  242  9e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  36.72 
 
 		 531 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  39.39 
 
 		 529 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  34.11 
 
 		 503 aa  241  2e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  33.59 
 
 		 503 aa  238  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  35.77 
 
 		 362 aa  238  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  32.95 
 
 		 559 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  37.61 
 
 		 380 aa  237  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  34.22 
 
 		 373 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  36.58 
 
 		 449 aa  236  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  36.14 
 
 		 493 aa  235  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  38.46 
 
 		 346 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  37.69 
 
 		 442 aa  235  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  39.65 
 
 		 344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  34.49 
 
 		 498 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  36.98 
 
 		 444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  35.56 
 
 		 568 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  36.69 
 
 		 429 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  37.69 
 
 		 442 aa  233  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  37.33 
 
 		 433 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  37.87 
 
 		 369 aa  233  6e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  36.36 
 
 		 428 aa  233  6e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0666  NusA antitermination factor  33.41 
 
 		 463 aa  232  8.000000000000001e-60  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0123778 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  39.05 
 
 		 344 aa  231  1e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  35.15 
 
 		 378 aa  232  1e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3219  NusA antitermination factor  35.83 
 
 		 503 aa  231  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.517549  normal  0.104407 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  36.72 
 
 		 495 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0040  transcription elongation factor NusA  38.68 
 
 		 590 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4218  NusA antitermination factor  35.49 
 
 		 534 aa  231  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000184689  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  38.28 
 
 		 382 aa  229  6e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1319  transcription elongation factor NusA  37.33 
 
 		 520 aa  229  6e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  32.41 
 
 		 490 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>