More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0012 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0012  response regulator receiver protein  100 
 
 
125 aa  256  8e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7205  normal  0.156633 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3276  response regulator receiver protein  77.6 
 
 
126 aa  207  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2785  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  69.42 
 
 
124 aa  174  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.255534 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.02 
 
 
1078 aa  101  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2693  histidine kinase  42.86 
 
 
571 aa  91.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0909214 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2265  histidine kinase  41.38 
 
 
559 aa  91.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.592554  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.79 
 
 
869 aa  91.3  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  40.54 
 
 
2109 aa  91.3  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0658  histidine kinase  42.06 
 
 
627 aa  90.1  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6208  ATP-binding region ATPase domain protein  35.65 
 
 
1885 aa  89.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2929  histidine kinase  40 
 
 
606 aa  88.2  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1697  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 
907 aa  87.8  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1425  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 
1096 aa  87  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.579353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1409  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 
778 aa  87  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
962 aa  86.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0522  response regulator receiver protein  36.52 
 
 
125 aa  86.3  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
946 aa  85.9  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0831  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.44 
 
 
957 aa  85.5  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0420  PAS  36.44 
 
 
787 aa  85.1  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0516903 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.9 
 
 
763 aa  84.7  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3051  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 
947 aa  84.3  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 
1055 aa  84.3  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07945  Histidine kinase G2 [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6WJ26]  35.65 
 
 
659 aa  84  6e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.708114  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  38.46 
 
 
785 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  38.46 
 
 
785 aa  83.6  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
1350 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
1057 aa  83.6  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1614  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 
873 aa  83.6  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.499982  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 
932 aa  83.6  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0537  response regulator receiver protein  36.52 
 
 
125 aa  83.6  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2324  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 
1162 aa  83.6  9e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 
1050 aa  83.6  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_1394  predicted protein  36.07 
 
 
550 aa  82.8  0.000000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.191003 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  37.19 
 
 
544 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  37.61 
 
 
785 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0472  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
517 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2222  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
1120 aa  83.2  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.201183 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1245 aa  83.2  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  36.44 
 
 
755 aa  82.8  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3445  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 
717 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  37.39 
 
 
772 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1639  histidine kinase  39.25 
 
 
676 aa  82.4  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576569  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0107  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
774 aa  82  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 
1009 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  34.45 
 
 
1060 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  35.9 
 
 
1135 aa  82  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  38.46 
 
 
785 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
816 aa  82.4  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
1324 aa  82.4  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  unclonable  0.00000343468  normal  0.0609683 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 
846 aa  82.4  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3466  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
1362 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185791  normal  0.474676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 
1005 aa  81.6  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
873 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
781 aa  81.6  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2769  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 
773 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000289  sensor histidine kinase CqsS  32.77 
 
 
681 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.487379  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
1044 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.227424  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.96 
 
 
1275 aa  81.3  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 
928 aa  81.3  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0484  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
847 aa  81.3  0.000000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0588  ATP-binding region ATPase domain protein  40 
 
 
1068 aa  81.3  0.000000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
1791 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0578  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 
667 aa  81.6  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
977 aa  81.3  0.000000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
1596 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  37.72 
 
 
850 aa  80.9  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1933  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
650 aa  80.9  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.77937  normal  0.846715 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 
902 aa  80.9  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  37.07 
 
 
647 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0135  response regulator receiver domain-containing protein  37.07 
 
 
132 aa  80.5  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2532  histidine kinase  35.71 
 
 
399 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0679268  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 
770 aa  80.5  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 
1101 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000252838 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0616  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 
766 aa  80.1  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0116444 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01227  two-component hybrid sensor and regulator  34.48 
 
 
699 aa  80.1  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
964 aa  80.1  0.000000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  37.93 
 
 
772 aa  80.1  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  37.61 
 
 
631 aa  80.1  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3492  Cache sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 
1041 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.430212  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0082  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
866 aa  80.1  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0375698  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
674 aa  80.1  0.000000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
802 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1265  sensor histidine kinase/response regulator  36.13 
 
 
445 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.127041  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.71 
 
 
1331 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
743 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 
846 aa  79.7  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000921222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0915  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 
822 aa  79.7  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  38.6 
 
 
1346 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2101  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
678 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.007905  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4574  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
729 aa  79.7  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.543152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3343  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 
800 aa  80.1  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.339102  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  32.76 
 
 
900 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3703  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
1021 aa  79  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0219575 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.74 
 
 
858 aa  79  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2946  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  40.19 
 
 
777 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 
1271 aa  79  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2205  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
887 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.188088 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
877 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0564  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
627 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.211254  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1313 aa  79.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>