More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0861 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.84 
 
 
720 aa  639  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
700 aa  699  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
717 aa  692  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.56 
 
 
752 aa  641  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.88 
 
 
705 aa  647  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2763  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.69 
 
 
698 aa  659  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
777 aa  709  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.32 
 
 
721 aa  640  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.83556e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 
705 aa  654  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.88 
 
 
705 aa  647  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.16 
 
 
711 aa  653  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.87 
 
 
711 aa  651  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.88 
 
 
715 aa  643  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.78 
 
 
700 aa  649  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.64 
 
 
700 aa  645  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.78 
 
 
725 aa  645  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 
702 aa  646  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  1.50136e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.48 
 
 
739 aa  639  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.02 
 
 
711 aa  652  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.16 
 
 
711 aa  654  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.16 
 
 
711 aa  654  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.43 
 
 
711 aa  642  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.01 
 
 
740 aa  667  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.06 
 
 
700 aa  638  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.90055e-06  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.81 
 
 
700 aa  720  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.19 
 
 
698 aa  652  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.73 
 
 
702 aa  639  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0114  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.64 
 
 
741 aa  639  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.613671  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.93 
 
 
703 aa  714  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
720 aa  1452  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.85 
 
 
696 aa  642  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.21 
 
 
746 aa  675  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.88 
 
 
705 aa  647  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 
710 aa  706  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.46 
 
 
706 aa  658  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.64 
 
 
747 aa  697  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.19 
 
 
698 aa  652  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.56 
 
 
720 aa  640  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.66 
 
 
717 aa  640  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.88 
 
 
704 aa  644  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.56 
 
 
718 aa  681  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0256  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.58 
 
 
718 aa  653  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.49 
 
 
706 aa  644  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  48.16 
 
 
734 aa  654  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.88 
 
 
722 aa  648  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 
712 aa  706  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.84021e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.65 
 
 
701 aa  712  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.86 
 
 
693 aa  639  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.84 
 
 
705 aa  676  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.57 
 
 
735 aa  710  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.93 
 
 
746 aa  664  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0380  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.56 
 
 
703 aa  647  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  3.45435e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  94.72 
 
 
720 aa  1374  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.82 
 
 
733 aa  718  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.1 
 
 
752 aa  684  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  1.06259e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.04 
 
 
711 aa  644  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.64 
 
 
706 aa  649  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 
723 aa  687  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.14 
 
 
736 aa  685  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 
703 aa  697  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.64 
 
 
725 aa  644  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
712 aa  690  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.33 
 
 
714 aa  635  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1146  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.78 
 
 
693 aa  641  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.71 
 
 
712 aa  694  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.07333e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.16 
 
 
711 aa  654  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.86 
 
 
692 aa  646  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.58 
 
 
721 aa  635  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.48 
 
 
745 aa  639  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.58 
 
 
718 aa  653  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.58 
 
 
718 aa  667  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
721 aa  636  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.93 
 
 
715 aa  657  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.35 
 
 
755 aa  683  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 
723 aa  704  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
712 aa  690  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
712 aa  691  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.86 
 
 
690 aa  645  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.56 
 
 
745 aa  642  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.85 
 
 
718 aa  649  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.86 
 
 
717 aa  643  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.33 
 
 
698 aa  650  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  2.43364e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 
712 aa  694  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 
712 aa  692  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47 
 
 
699 aa  648  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.08143e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.85 
 
 
716 aa  676  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 
703 aa  646  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.62 
 
 
695 aa  665  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.84 
 
 
701 aa  638  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 
712 aa  692  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 
712 aa  692  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 
712 aa  692  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.66 
 
 
718 aa  659  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.42 
 
 
718 aa  640  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.16 
 
 
734 aa  654  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.95 
 
 
747 aa  682  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.33 
 
 
701 aa  658  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.58 
 
 
697 aa  639  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.74375e-08  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.74 
 
 
713 aa  643  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 
686 aa  652  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>