280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0077 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  100 
 
 
207 aa  423  1e-118  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  41.63 
 
 
210 aa  185  4e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  28.72 
 
 
206 aa  70.1  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 
178 aa  67.8  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  40.66 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  39.36 
 
 
188 aa  64.3  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  39.36 
 
 
176 aa  63.5  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 
179 aa  62  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  27.92 
 
 
233 aa  59.7  0.00000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  29.07 
 
 
222 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  45.16 
 
 
178 aa  57  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2373  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 
107 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.859226  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  29.59 
 
 
217 aa  56.6  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  29.59 
 
 
217 aa  56.6  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  29.59 
 
 
217 aa  56.6  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 
199 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 
199 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  53.33 
 
 
199 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 
179 aa  55.8  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
179 aa  55.8  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5157  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 
107 aa  55.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086798  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  27.14 
 
 
229 aa  55.8  0.0000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  42.42 
 
 
181 aa  55.1  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
181 aa  55.1  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
213 aa  55.1  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  41.79 
 
 
188 aa  55.1  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  51.67 
 
 
199 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  51.67 
 
 
199 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  29.65 
 
 
212 aa  53.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  25.84 
 
 
212 aa  53.1  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  27.23 
 
 
229 aa  53.1  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  25.65 
 
 
229 aa  51.6  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  33.64 
 
 
198 aa  51.6  0.000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
181 aa  50.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1201  SOS-response transcriptional repressors (RecA-mediated autopeptidase)-like  38.1 
 
 
212 aa  51.2  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
181 aa  50.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3236  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 
113 aa  50.8  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355166  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0789  putative phage repressor  25.5 
 
 
238 aa  51.2  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000233571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
470 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  26.17 
 
 
231 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
180 aa  49.7  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
178 aa  49.7  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  26.09 
 
 
205 aa  49.7  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1747  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
436 aa  49.3  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0791  XRE family transcriptional regulator  23.81 
 
 
214 aa  49.3  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  27.62 
 
 
245 aa  49.3  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  25.13 
 
 
229 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 
179 aa  48.9  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  38.81 
 
 
179 aa  48.9  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6209  hypothetical protein  39.76 
 
 
120 aa  48.9  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.280043  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  25.81 
 
 
196 aa  48.5  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
180 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
432 aa  48.5  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 
154 aa  48.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 
199 aa  48.5  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  25.87 
 
 
224 aa  47.4  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
192 aa  47.4  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
78 aa  47.4  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 
96 aa  47.4  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  40.62 
 
 
88 aa  47.4  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  40.32 
 
 
179 aa  47.4  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
76 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  27.04 
 
 
233 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  30.53 
 
 
189 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
189 aa  47  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  35.29 
 
 
292 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2295  transcriptional regulator  34.15 
 
 
106 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.302272  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 
255 aa  46.6  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  34.38 
 
 
180 aa  47  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  40.32 
 
 
179 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  33.75 
 
 
179 aa  46.2  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
80 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  24.74 
 
 
240 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
79 aa  46.2  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  27.04 
 
 
233 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
197 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  25 
 
 
216 aa  46.2  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 
67 aa  46.2  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  35 
 
 
197 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 
106 aa  46.2  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  27.04 
 
 
233 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  35.29 
 
 
194 aa  45.8  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  37.66 
 
 
255 aa  46.2  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
197 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  26.53 
 
 
185 aa  45.8  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  39.06 
 
 
189 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 
86 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2371  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
165 aa  45.8  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.111191  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0551  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
106 aa  45.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2282  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
89 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  42.59 
 
 
238 aa  46.2  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  27.52 
 
 
178 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  24.49 
 
 
240 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  27.52 
 
 
178 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  42 
 
 
153 aa  45.8  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  27.52 
 
 
178 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  27.52 
 
 
178 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  40.35 
 
 
60 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2204  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
107 aa  45.4  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000000112019  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1976  transcriptional regulator, XRE family  27.81 
 
 
227 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>