More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2342 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  100 
 
 		 525 aa  1063    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  39.83 
 
 		 650 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  37.35 
 
 		 586 aa  325  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  38.53 
 
 		 632 aa  324  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  35.39 
 
 		 540 aa  323  5e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  38.11 
 
 		 650 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  34.97 
 
 		 540 aa  320  3.9999999999999996e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  34.97 
 
 		 540 aa  320  3.9999999999999996e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  38.74 
 
 		 593 aa  317  5e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  34.38 
 
 		 584 aa  308  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  36.44 
 
 		 542 aa  299  7e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  32.34 
 
 		 527 aa  292  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  28.71 
 
 		 532 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.36 
 
 		 505 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.36 
 
 		 505 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.36 
 
 		 505 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  32.02 
 
 		 513 aa  248  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.36 
 
 		 505 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.36 
 
 		 505 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  30.24 
 
 		 532 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.42 
 
 		 507 aa  243  7e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.93 
 
 		 504 aa  243  9e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.93 
 
 		 504 aa  243  9e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  30.93 
 
 		 504 aa  241  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.93 
 
 		 504 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.93 
 
 		 504 aa  241  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  29.46 
 
 		 542 aa  241  2e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.72 
 
 		 504 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  30.72 
 
 		 504 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  31.99 
 
 		 573 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  29.69 
 
 		 536 aa  238  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.72 
 
 		 504 aa  237  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  30.09 
 
 		 536 aa  238  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  29.48 
 
 		 548 aa  236  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  29 
 
 		 548 aa  236  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  29.87 
 
 		 536 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  29 
 
 		 548 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.2 
 
 		 508 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  30.09 
 
 		 536 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  27.54 
 
 		 551 aa  231  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  32.02 
 
 		 481 aa  231  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  32.02 
 
 		 476 aa  231  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  32.02 
 
 		 481 aa  231  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  32.02 
 
 		 481 aa  231  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2025  choline/carnitine/betaine transporter  32.37 
 
 		 533 aa  228  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  31.18 
 
 		 522 aa  227  5.0000000000000005e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  30.8 
 
 		 503 aa  225  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.09 
 
 		 514 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.66 
 
 		 519 aa  225  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.67 
 
 		 514 aa  225  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  28.94 
 
 		 514 aa  224  3e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  30.93 
 
 		 659 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  30.93 
 
 		 659 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  29.39 
 
 		 606 aa  223  6e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  29.5 
 
 		 577 aa  223  8e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  29.5 
 
 		 550 aa  219  1e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  31.59 
 
 		 556 aa  218  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22610  choline/carnitine/betaine transport  30.85 
 
 		 663 aa  218  2e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.524203  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  29.66 
 
 		 580 aa  218  2.9999999999999998e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  32.81 
 
 		 520 aa  216  5.9999999999999996e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  32.81 
 
 		 520 aa  216  5.9999999999999996e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  29.45 
 
 		 681 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  29.82 
 
 		 541 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  29.32 
 
 		 505 aa  213  9e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  33.25 
 
 		 609 aa  211  3e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  31.09 
 
 		 505 aa  210  4e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  31.09 
 
 		 505 aa  210  4e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  31.09 
 
 		 505 aa  210  4e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  30.38 
 
 		 667 aa  210  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  31.33 
 
 		 498 aa  210  6e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  31.24 
 
 		 611 aa  209  7e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  31.09 
 
 		 505 aa  209  8e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  27.27 
 
 		 681 aa  209  9e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  30.17 
 
 		 657 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  31.35 
 
 		 504 aa  209  1e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  30.91 
 
 		 504 aa  208  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  30.88 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  29.46 
 
 		 494 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  30.88 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  31.25 
 
 		 545 aa  207  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  31.13 
 
 		 505 aa  207  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  28.91 
 
 		 538 aa  207  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  29.9 
 
 		 724 aa  206  9e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  27.51 
 
 		 568 aa  206  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  29.21 
 
 		 682 aa  204  3e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  30.29 
 
 		 573 aa  204  3e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  31.06 
 
 		 583 aa  204  3e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  32.48 
 
 		 610 aa  203  5e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  33.16 
 
 		 526 aa  203  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  33.67 
 
 		 531 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  29.98 
 
 		 504 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1904  choline/carnitine/betaine transporter  28.52 
 
 		 678 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.674112 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  30.08 
 
 		 724 aa  201  3.9999999999999996e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  29.22 
 
 		 584 aa  200  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  30.68 
 
 		 682 aa  199  7e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  31.21 
 
 		 574 aa  199  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  29.83 
 
 		 606 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  27.96 
 
 		 750 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  28.94 
 
 		 600 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  28.17 
 
 		 490 aa  199  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>