More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2096 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 308 aa  616  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  51.96 
 
 		 277 aa  253  3e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  50.71 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 277 aa  237  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  47.87 
 
 		 279 aa  230  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  44.44 
 
 		 270 aa  205  9e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  43.54 
 
 		 271 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.75 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 298 aa  159  6e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 290 aa  158  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 		 277 aa  155  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  36.07 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  41.92 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 277 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 277 aa  152  8e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 273 aa  152  8e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  35.64 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  151  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 311 aa  149  9e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  36.77 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 288 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 		 289 aa  146  5e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 271 aa  146  5e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 279 aa  145  9e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.35 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.14 
 
 		 276 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 269 aa  142  7e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 285 aa  142  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 286 aa  142  9e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  35.86 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  41.04 
 
 		 280 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  36.49 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  35.62 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  37.77 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  36.51 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 288 aa  136  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  28.9 
 
 		 273 aa  135  9e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.38 
 
 		 286 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.4 
 
 		 283 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  28.62 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.83 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  32.36 
 
 		 268 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  32.36 
 
 		 268 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 		 280 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 		 278 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 279 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 279 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.22 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.8 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  31.91 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  37.09 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 285 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.77 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  30.99 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  34.57 
 
 		 613 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  36.11 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>