More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1927 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
88 aa  181  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  72.73 
 
 
88 aa  130  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  68.18 
 
 
88 aa  128  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  65.91 
 
 
88 aa  122  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  66.67 
 
 
89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  67.06 
 
 
87 aa  117  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  65.91 
 
 
88 aa  117  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  62.5 
 
 
90 aa  113  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  71.43 
 
 
88 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  60.23 
 
 
88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  54.02 
 
 
87 aa  105  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  66.67 
 
 
89 aa  106  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  63.22 
 
 
86 aa  105  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  55.56 
 
 
160 aa  100  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  51.85 
 
 
82 aa  97.8  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 
85 aa  96.7  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 
92 aa  95.9  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  55.13 
 
 
160 aa  93.6  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  52.94 
 
 
143 aa  93.6  7e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  49.38 
 
 
89 aa  93.6  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  54.43 
 
 
91 aa  92.8  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  52.33 
 
 
87 aa  92.8  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  53.66 
 
 
83 aa  92  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  54.32 
 
 
146 aa  92.4  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
81 aa  92.4  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  51.85 
 
 
85 aa  90.1  9e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
101 aa  89.4  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  60.53 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  51.22 
 
 
116 aa  87  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
122 aa  86.3  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  51.9 
 
 
82 aa  86.3  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  50 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  48.86 
 
 
123 aa  85.9  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
94 aa  85.5  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  49.44 
 
 
140 aa  85.9  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  55.7 
 
 
99 aa  85.5  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  51.32 
 
 
90 aa  84.3  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  51.76 
 
 
196 aa  84.3  5e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  52.33 
 
 
101 aa  83.6  8e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
115 aa  83.6  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
103 aa  82.8  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
97 aa  83.2  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
96 aa  83.2  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  52.87 
 
 
95 aa  82.4  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  81.6  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
157 aa  81.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  51.81 
 
 
114 aa  82  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 
104 aa  81.6  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  51.76 
 
 
202 aa  81.3  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  51.9 
 
 
102 aa  81.3  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  50.59 
 
 
250 aa  81.3  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  81.3  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  50.59 
 
 
250 aa  81.3  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
89 aa  80.9  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  50.59 
 
 
114 aa  80.9  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  47.19 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  47.67 
 
 
90 aa  80.5  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  48.31 
 
 
149 aa  80.1  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  46.43 
 
 
122 aa  80.5  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
90 aa  79.7  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  47.67 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  45.35 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  46.75 
 
 
95 aa  79.3  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  49.44 
 
 
97 aa  79.3  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  46.07 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
110 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  51.9 
 
 
103 aa  79.3  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
111 aa  78.6  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  48.05 
 
 
99 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  46.15 
 
 
155 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  44.58 
 
 
161 aa  79  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  44.94 
 
 
148 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  78.2  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  46.51 
 
 
162 aa  78.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  45.35 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  53.16 
 
 
103 aa  78.2  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  44.32 
 
 
151 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  46.15 
 
 
149 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  44.94 
 
 
150 aa  77.8  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  45.35 
 
 
90 aa  77.8  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 
152 aa  78.2  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  46.91 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
156 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 
105 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
90 aa  78.2  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
102 aa  77.8  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
102 aa  77.8  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  48.86 
 
 
89 aa  77.8  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  47.44 
 
 
147 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  43.59 
 
 
152 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  46.51 
 
 
90 aa  77.4  0.00000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  50.63 
 
 
102 aa  77.4  0.00000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  50.59 
 
 
112 aa  77.4  0.00000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  45.35 
 
 
121 aa  77.4  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.35 
 
 
121 aa  77  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  53.16 
 
 
99 aa  77  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  46.99 
 
 
207 aa  77  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  47.19 
 
 
181 aa  76.6  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>