More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1855 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
308 aa  635    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
294 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
318 aa  151  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 
316 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
304 aa  149  8e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  29.45 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
297 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
302 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.86 
 
 
305 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
299 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
312 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
315 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
297 aa  139  7.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 
315 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 
326 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 
296 aa  136  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
308 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 
307 aa  135  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
314 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.43 
 
 
294 aa  135  9e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  30.34 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 
307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 
326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
314 aa  133  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
311 aa  132  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 
304 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  29.01 
 
 
323 aa  132  6e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
294 aa  132  6e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
298 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  32.44 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
309 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
320 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
309 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 
308 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 
294 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
309 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 
315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  31.14 
 
 
314 aa  129  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 
315 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  29.79 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
314 aa  128  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 
293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 
325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 
303 aa  127  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 
304 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 
320 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 
301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
327 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
303 aa  126  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 
295 aa  126  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 
305 aa  126  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
307 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 
322 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.92 
 
 
314 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  29.51 
 
 
302 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 
300 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  29.01 
 
 
314 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  26.9 
 
 
316 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 
296 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.03 
 
 
319 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 
293 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
326 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
299 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 
314 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
316 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 
305 aa  123  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
319 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 
301 aa  123  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  28.52 
 
 
322 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 
298 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
320 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
302 aa  123  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
302 aa  123  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
295 aa  122  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
297 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
310 aa  122  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 
305 aa  122  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
317 aa  122  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 
298 aa  122  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 
307 aa  122  8e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
320 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 
325 aa  122  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 
296 aa  122  9e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  33.71 
 
 
323 aa  122  9e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>