More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1595 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 425 aa  873    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  68.65 
 
 		 434 aa  598  1e-170  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  66.59 
 
 		 421 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  63.92 
 
 		 421 aa  568  1e-161  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  54.13 
 
 		 416 aa  456  1e-127  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  37.93 
 
 		 409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  39.16 
 
 		 424 aa  278  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  36.18 
 
 		 398 aa  262  8e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  37.75 
 
 		 430 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  36.78 
 
 		 433 aa  253  5.000000000000001e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  37.38 
 
 		 429 aa  248  1e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  38.69 
 
 		 430 aa  247  2e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  37.75 
 
 		 386 aa  247  3e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  35.59 
 
 		 407 aa  245  9e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  35.82 
 
 		 430 aa  243  3e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  35 
 
 		 410 aa  243  7e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  37.31 
 
 		 386 aa  240  4e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  36.14 
 
 		 412 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  34.34 
 
 		 406 aa  236  5.0000000000000005e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 406 aa  236  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  35.52 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 412 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 412 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  35.29 
 
 		 412 aa  230  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  34.96 
 
 		 417 aa  229  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  38.21 
 
 		 422 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 412 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  36.25 
 
 		 433 aa  226  7e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  34.71 
 
 		 440 aa  226  7e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  37.44 
 
 		 416 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  35.64 
 
 		 420 aa  223  4e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 418 aa  222  9e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  36.64 
 
 		 415 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  35.55 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  34.63 
 
 		 419 aa  220  3e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  36.32 
 
 		 423 aa  220  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.85 
 
 		 413 aa  220  3e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  35.88 
 
 		 878 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  34.65 
 
 		 420 aa  220  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  34.65 
 
 		 420 aa  220  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 420 aa  219  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  34.41 
 
 		 420 aa  219  6e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 420 aa  219  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 420 aa  219  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  34.41 
 
 		 420 aa  219  6e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 420 aa  219  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 416 aa  219  7e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  37.75 
 
 		 427 aa  219  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 420 aa  219  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  34.8 
 
 		 420 aa  219  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  35.58 
 
 		 434 aa  219  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 		 420 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  37.75 
 
 		 427 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 		 420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 		 420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  36.1 
 
 		 420 aa  217  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  36.36 
 
 		 453 aa  216  5e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  37.5 
 
 		 427 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  34.79 
 
 		 416 aa  216  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  35.22 
 
 		 420 aa  216  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  36.1 
 
 		 414 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 418 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 		 434 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  34.14 
 
 		 416 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  34.52 
 
 		 414 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  34.87 
 
 		 414 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  35.5 
 
 		 414 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  35.18 
 
 		 402 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  37.62 
 
 		 407 aa  213  5.999999999999999e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  35.19 
 
 		 414 aa  213  5.999999999999999e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  35.55 
 
 		 466 aa  213  7.999999999999999e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  34.81 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  34.07 
 
 		 420 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  34.33 
 
 		 401 aa  211  2e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  34.69 
 
 		 414 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  35 
 
 		 414 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  31.47 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  36.36 
 
 		 412 aa  210  3e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  34.87 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 417 aa  210  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  34.89 
 
 		 434 aa  209  5e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  35.66 
 
 		 414 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  35.66 
 
 		 414 aa  209  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  34.07 
 
 		 417 aa  209  9e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  36.06 
 
 		 414 aa  209  9e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4349  diaminopimelate decarboxylase  35.56 
 
 		 476 aa  209  9e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344454  normal  0.204157 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  33.58 
 
 		 413 aa  209  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  34.88 
 
 		 420 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  34.96 
 
 		 431 aa  208  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  34.84 
 
 		 425 aa  208  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  35.21 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 		 440 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  32.76 
 
 		 416 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1303  diaminopimelate decarboxylase  32.6 
 
 		 438 aa  207  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  34.41 
 
 		 418 aa  207  3e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  35.57 
 
 		 416 aa  207  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  32.34 
 
 		 382 aa  207  3e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  36.39 
 
 		 419 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  33.74 
 
 		 410 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>