More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1456 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  80.92 
 
 		 415 aa  711    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 431 aa  879    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  88.31 
 
 		 503 aa  770    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  80.43 
 
 		 415 aa  702    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  89.18 
 
 		 416 aa  776    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  89.1 
 
 		 449 aa  797    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  72.12 
 
 		 437 aa  628  1e-179  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  70.43 
 
 		 415 aa  618  1e-176  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  69.71 
 
 		 415 aa  617  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 		 415 aa  615  1e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 		 415 aa  615  1e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 		 415 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  68.99 
 
 		 415 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  68.75 
 
 		 415 aa  608  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  69.86 
 
 		 422 aa  608  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 415 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  69.3 
 
 		 418 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  68.97 
 
 		 422 aa  602  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  68.99 
 
 		 421 aa  597  1e-170  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  68.97 
 
 		 421 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  66.36 
 
 		 435 aa  596  1e-169  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  71.05 
 
 		 422 aa  595  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  593  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  69.06 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  70.33 
 
 		 422 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  69.06 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 421 aa  593  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  68.74 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  68.26 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  68.82 
 
 		 429 aa  591  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  68.6 
 
 		 414 aa  589  1e-167  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  66.9 
 
 		 424 aa  590  1e-167  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  68.35 
 
 		 421 aa  588  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  68.11 
 
 		 421 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  68.35 
 
 		 421 aa  589  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  69.06 
 
 		 418 aa  590  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 		 421 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  65.71 
 
 		 418 aa  585  1e-166  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  66.59 
 
 		 418 aa  587  1e-166  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  68.59 
 
 		 436 aa  585  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  68.35 
 
 		 421 aa  586  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 		 421 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  68.11 
 
 		 421 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 		 418 aa  587  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  65.71 
 
 		 418 aa  585  1e-166  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  68.35 
 
 		 436 aa  585  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  66.11 
 
 		 418 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  65.88 
 
 		 435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 		 419 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2293  transcription termination factor Rho  65.88 
 
 		 435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.182483  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  65.46 
 
 		 415 aa  582  1.0000000000000001e-165  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  67.63 
 
 		 436 aa  582  1.0000000000000001e-165  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  68.11 
 
 		 428 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  68.11 
 
 		 447 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2310  transcription termination factor Rho  64.93 
 
 		 432 aa  580  1e-164  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000407022  normal  0.229849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  67.06 
 
 		 419 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  65.8 
 
 		 418 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  67.06 
 
 		 419 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5019  transcription termination factor Rho  65.57 
 
 		 473 aa  581  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000339489  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  66.59 
 
 		 419 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  66.59 
 
 		 419 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0037  transcription termination factor Rho  64.75 
 
 		 419 aa  579  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.245355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 		 419 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  66.35 
 
 		 419 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  65.8 
 
 		 418 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2863  transcription termination factor Rho  67.3 
 
 		 423 aa  579  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.799607  normal  0.377015 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  67.06 
 
 		 419 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  67.06 
 
 		 419 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  66.35 
 
 		 419 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  66.9 
 
 		 447 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 419 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  64.44 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  66.9 
 
 		 506 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 433 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  65.63 
 
 		 419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03661  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 419 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000324277  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 		 419 aa  571  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 419 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03610  hypothetical protein  65.39 
 
 		 419 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000108874  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  65.23 
 
 		 419 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 422 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  64.51 
 
 		 419 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 419 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  64.44 
 
 		 418 aa  574  1.0000000000000001e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  66.91 
 
 		 422 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0309  transcription termination factor Rho  66.83 
 
 		 419 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  64.75 
 
 		 419 aa  574  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  64.03 
 
 		 419 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 419 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  65.16 
 
 		 419 aa  572  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  64.52 
 
 		 420 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 422 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 419 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 419 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>