More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1207 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 489 aa  984    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  55.4 
 
 		 487 aa  522  1e-147  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  50.22 
 
 		 564 aa  474  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  44.86 
 
 		 472 aa  427  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  46.78 
 
 		 482 aa  428  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  43.24 
 
 		 492 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  34.69 
 
 		 577 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  37.01 
 
 		 570 aa  270  4e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  34 
 
 		 574 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  34.62 
 
 		 573 aa  266  5e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  34.69 
 
 		 577 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  35.12 
 
 		 720 aa  263  4e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  41.09 
 
 		 402 aa  263  4e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  34.24 
 
 		 609 aa  262  1e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.44 
 
 		 584 aa  261  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  34.53 
 
 		 598 aa  260  4e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 566 aa  260  4e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  36.12 
 
 		 558 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  35.38 
 
 		 555 aa  258  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  34.32 
 
 		 597 aa  259  1e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 555 aa  259  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  36.12 
 
 		 558 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  36.12 
 
 		 558 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  35.63 
 
 		 560 aa  258  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  34.07 
 
 		 560 aa  258  2e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2456  30S ribosomal protein S1  36.61 
 
 		 569 aa  257  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  35.89 
 
 		 558 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 		 560 aa  257  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  33.93 
 
 		 579 aa  257  3e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  36.08 
 
 		 555 aa  257  4e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  35.65 
 
 		 559 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  35.65 
 
 		 559 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 		 555 aa  256  9e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  33.79 
 
 		 596 aa  255  1.0000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  35.85 
 
 		 555 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  41.26 
 
 		 401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  35.85 
 
 		 555 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  35.85 
 
 		 555 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  35.85 
 
 		 555 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  34.18 
 
 		 555 aa  254  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0991  30S ribosomal protein S1  40.86 
 
 		 400 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  35.4 
 
 		 569 aa  253  4.0000000000000004e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  35.32 
 
 		 557 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  36.34 
 
 		 504 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  36.04 
 
 		 561 aa  254  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  36.36 
 
 		 563 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 		 555 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 		 555 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 		 555 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 		 555 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 573 aa  253  6e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  36.49 
 
 		 584 aa  253  7e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  34.63 
 
 		 556 aa  253  7e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  33.69 
 
 		 553 aa  252  8.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  35.17 
 
 		 560 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 		 555 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  36.01 
 
 		 556 aa  252  9.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  34.93 
 
 		 559 aa  252  9.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  36.49 
 
 		 584 aa  252  9.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  33.03 
 
 		 570 aa  252  1e-65  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  36.01 
 
 		 556 aa  252  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  33.25 
 
 		 575 aa  252  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3269  30S ribosomal protein S1  40.57 
 
 		 400 aa  252  1e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 555 aa  252  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  30.95 
 
 		 644 aa  251  2e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  35.38 
 
 		 555 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  36.28 
 
 		 556 aa  251  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 557 aa  251  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  33.18 
 
 		 589 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  32.87 
 
 		 570 aa  249  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 		 547 aa  248  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  36.12 
 
 		 571 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  34.93 
 
 		 561 aa  248  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  33.18 
 
 		 577 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  33.64 
 
 		 571 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  33.49 
 
 		 558 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  34.17 
 
 		 559 aa  248  2e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  34.48 
 
 		 559 aa  247  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  36.8 
 
 		 570 aa  247  3e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  35.65 
 
 		 561 aa  247  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  33.41 
 
 		 593 aa  247  4e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  34.79 
 
 		 570 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  35.65 
 
 		 561 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  34.33 
 
 		 561 aa  246  4.9999999999999997e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 		 558 aa  246  4.9999999999999997e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  35.65 
 
 		 561 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  32.96 
 
 		 576 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  35.73 
 
 		 566 aa  246  6e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  32.96 
 
 		 576 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  32.96 
 
 		 576 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  33.64 
 
 		 555 aa  246  8e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  32.96 
 
 		 576 aa  246  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  34.72 
 
 		 568 aa  246  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  34.72 
 
 		 568 aa  246  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  35.25 
 
 		 558 aa  245  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  34.58 
 
 		 558 aa  245  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  34.58 
 
 		 558 aa  245  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  35.25 
 
 		 558 aa  245  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  33.56 
 
 		 570 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  33.56 
 
 		 570 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>