More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0975 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_0051  CTP synthetase  60.85 
 
 
547 aa  682    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38810  CTP synthetase  58.44 
 
 
543 aa  647    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1895  CTP synthetase  59.41 
 
 
536 aa  665    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1610  CTP synthetase  58.44 
 
 
542 aa  656    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103111  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1511  CTP synthetase  77.39 
 
 
547 aa  895    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174656  decreased coverage  0.000112124 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2513  CTP synthetase  59.38 
 
 
552 aa  663    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.294945  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3337  CTP synthetase  57.75 
 
 
531 aa  653    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4305  CTP synthetase  57.54 
 
 
555 aa  647    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00174  CTP synthetase  57.98 
 
 
554 aa  643    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.142517  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3181  CTP synthetase  59.48 
 
 
533 aa  664    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3035  CTP synthetase  57.51 
 
 
543 aa  649    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1164  CTP synthetase  58.26 
 
 
542 aa  655    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309398  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3441  CTP synthetase  59.34 
 
 
546 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1552  CTP synthase  57.25 
 
 
543 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.873983  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3086  CTP synthetase  58.42 
 
 
545 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35033  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0078  CTP synthetase  58.33 
 
 
541 aa  650    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1600  CTP synthetase  62.06 
 
 
533 aa  667    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2758  CTP synthetase  59.52 
 
 
545 aa  652    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000221418  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2304  CTP synthetase  59.89 
 
 
533 aa  670    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0258787  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3111  CTP synthetase  58.42 
 
 
545 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1361  CTP synthetase  57.25 
 
 
543 aa  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0802006  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3446  CTP synthetase  57.86 
 
 
531 aa  650    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2366  CTP synthetase  58.24 
 
 
546 aa  638    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.863535  normal  0.823957 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1204  CTP synthetase  58.79 
 
 
545 aa  646    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000204322  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0341  CTP synthetase  65 
 
 
553 aa  734    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.524344  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0619  CTP synthetase  60.62 
 
 
546 aa  666    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.626167  normal  0.390298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4064  CTP synthetase  57.7 
 
 
542 aa  648    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000300969 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2267  CTP synthetase  56.96 
 
 
545 aa  652    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3859  CTP synthetase  56.96 
 
 
535 aa  637    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0850  CTP synthetase  59.01 
 
 
550 aa  673    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1119  CTP synthetase  57.98 
 
 
543 aa  651    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1439  CTP synthetase  60.52 
 
 
551 aa  683    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0767506  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1945  CTP synthetase  60.48 
 
 
534 aa  688    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000498786  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3137  CTP synthetase  59.52 
 
 
545 aa  652    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000110473  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0919  CTP synthetase  57.17 
 
 
542 aa  639    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1923  CTP synthetase  58.41 
 
 
542 aa  652    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0447943  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2979  CTP synthetase  61.06 
 
 
534 aa  660    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.535852  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3150  CTP synthetase  58.42 
 
 
545 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0858121  normal  0.288938 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1276  CTP synthetase  60 
 
 
538 aa  667    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000541143 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1765  CTP synthetase  75.23 
 
 
548 aa  878    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.279833  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1262  CTP synthetase  57.54 
 
 
543 aa  648    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5568  CTP synthetase  58.61 
 
 
542 aa  639    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3128  CTP synthetase  59.52 
 
 
545 aa  652    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000112535  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1184  CTP synthetase  59.34 
 
 
546 aa  644    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0154566  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1236  CTP synthetase  59.52 
 
 
545 aa  652    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000161678  hitchhiker  0.00000000200253 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2409  CTP synthetase  59.82 
 
 
537 aa  670    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3169  CTP synthetase  58.42 
 
 
545 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0659472  normal  0.252968 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4174  CTP synthetase  57.9 
 
 
555 aa  650    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1727  CTP synthetase  59.45 
 
 
535 aa  651    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4318  CTP synthetase  58.64 
 
 
555 aa  663    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.13902 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2180  CTP synthetase  58.97 
 
 
540 aa  661    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18060  CTP synthetase  59.59 
 
 
535 aa  659    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1243  CTP synthetase  57.51 
 
 
543 aa  635    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.381709  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2785  CTP synthetase  57.69 
 
 
538 aa  654    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.963897  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1911  CTP synthetase  59.52 
 
 
542 aa  655    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.884152  normal  0.767011 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3280  CTP synthetase  59.52 
 
 
545 aa  652    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000222232  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1743  CTP synthetase  56.96 
 
 
534 aa  647    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1195  CTP synthetase  58.79 
 
 
545 aa  642    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0320  CTP synthetase  59.71 
 
 
555 aa  663    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0617  CTP synthetase  60.26 
 
 
548 aa  668    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1607  CTP synthetase  67.34 
 
 
546 aa  781    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.353292 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0156  CTP synthetase  69.23 
 
 
546 aa  780    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1872  CTP synthetase  59.89 
 
 
555 aa  665    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0222  CTP synthetase  56.41 
 
 
543 aa  639    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.555048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3670  CTP synthetase  58.76 
 
 
558 aa  668    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4327  CTP synthetase  57.72 
 
 
555 aa  651    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1563  CTP synthetase  56.8 
 
 
534 aa  640    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2751  CTP synthase  57.54 
 
 
555 aa  649    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0184273 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1182  CTP synthetase  60.26 
 
 
547 aa  677    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154303  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3107  CTP synthetase  58.06 
 
 
542 aa  638    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4844  CTP synthetase  59 
 
 
532 aa  670    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00361153  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1634  CTP synthetase  56.78 
 
 
545 aa  639    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.883771  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4054  CTP synthase  57.7 
 
 
545 aa  649    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.384479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5402  CTP synthetase  58.97 
 
 
542 aa  642    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0552  CTP synthetase  58.06 
 
 
542 aa  644    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1472  CTP synthase  60.48 
 
 
555 aa  672    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1114  CTP synthetase  59.16 
 
 
546 aa  651    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000131384  normal  0.869869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1185  CTP synthetase  58.97 
 
 
546 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000285694  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1841  CTP synthetase  60.89 
 
 
540 aa  675    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0662  CTP synthetase  60.85 
 
 
549 aa  663    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0054  CTP synthetase  58.93 
 
 
536 aa  665    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000543339  hitchhiker  0.00121166 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0975  CTP synthetase  100 
 
 
547 aa  1139    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2613  CTP synthetase  62.06 
 
 
533 aa  668    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17290  CTP synthetase  56.72 
 
 
542 aa  645    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0433  CTP synthetase  76.88 
 
 
550 aa  898    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4167  CTP synthetase  58.44 
 
 
542 aa  656    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1502  CTP synthetase  56.72 
 
 
542 aa  645    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3267  CTP synthetase  58.42 
 
 
545 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0428959 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2075  CTP synthetase  63.79 
 
 
557 aa  734    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.138589  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1557  CTP synthetase  62.43 
 
 
547 aa  684    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.591143  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1115  CTP synthetase  58.97 
 
 
546 aa  650    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000891455  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0291  CTP synthetase  57.35 
 
 
534 aa  645    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2034  CTP synthetase  55.6 
 
 
558 aa  644    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1035  CTP synthetase  58.79 
 
 
545 aa  654    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.946581  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1734  CTP synthetase  55.23 
 
 
535 aa  631  1e-180  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0461926  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0794  CTP synthetase  57.51 
 
 
545 aa  634  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0895398  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1093  CTP synthetase  55.06 
 
 
533 aa  632  1e-180  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3181  CTP synthetase  57.19 
 
 
547 aa  633  1e-180  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482242  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0614  CTP synthetase  57.72 
 
 
554 aa  632  1e-180  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1289  CTP synthetase  57.33 
 
 
545 aa  631  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.934915  hitchhiker  0.00000000280114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>