More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0352 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
398 aa  826  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  75.06 
 
 
398 aa  639  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  74.87 
 
 
399 aa  637  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  70.05 
 
 
395 aa  595  1e-169  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  60.75 
 
 
398 aa  512  1e-144  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  58.65 
 
 
401 aa  486  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  59.4 
 
 
403 aa  478  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  57.47 
 
 
399 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  1.21242e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  57.72 
 
 
399 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  1.7019e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  57 
 
 
399 aa  476  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  57.83 
 
 
398 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  58.16 
 
 
399 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  1.69724e-10  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  56.82 
 
 
398 aa  471  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  56.82 
 
 
398 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  55.64 
 
 
398 aa  471  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.01397e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  58.16 
 
 
399 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
404 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  58.67 
 
 
399 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  1.41551e-10  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  60 
 
 
403 aa  468  1e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  57.89 
 
 
403 aa  469  1e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  56.57 
 
 
408 aa  469  1e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  3.96777e-07  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  57.83 
 
 
399 aa  469  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  8.88942e-10 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  57.91 
 
 
403 aa  469  1e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  57.97 
 
 
399 aa  471  1e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  1.95797e-06  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  57.58 
 
 
398 aa  469  1e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 
403 aa  465  1e-130  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  56.39 
 
 
399 aa  465  1e-130  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  56.82 
 
 
398 aa  463  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  57.32 
 
 
398 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2206  tyrosyl-tRNA synthetase  59.84 
 
 
399 aa  464  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  58.04 
 
 
403 aa  462  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.74252e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  56.03 
 
 
398 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0459  tyrosyl-tRNA synthetase  57.93 
 
 
396 aa  462  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  1.35795e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0502  tyrosyl-tRNA synthetase  55.3 
 
 
403 aa  458  1e-128  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  57.32 
 
 
398 aa  459  1e-128  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  56.31 
 
 
397 aa  459  1e-128  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  58.04 
 
 
395 aa  458  1e-128  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  56 
 
 
399 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  7.25763e-06  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  58.6 
 
 
403 aa  455  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.28541e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  56.06 
 
 
397 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 
395 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  3.4927e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  56.68 
 
 
413 aa  457  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 
413 aa  451  1e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  9.41896e-11  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  55.78 
 
 
404 aa  454  1e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  54.61 
 
 
400 aa  454  1e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  2.33958e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  55.81 
 
 
397 aa  454  1e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  55.81 
 
 
397 aa  454  1e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  55.81 
 
 
398 aa  454  1e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  55.56 
 
 
397 aa  452  1e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  56.52 
 
 
413 aa  453  1e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  55.22 
 
 
408 aa  452  1e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.40569e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  54.93 
 
 
432 aa  452  1e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  56.75 
 
 
413 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0648  tyrosyl-tRNA synthetase  55.09 
 
 
402 aa  451  1e-125  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  56.5 
 
 
454 aa  448  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  56.5 
 
 
435 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  54.66 
 
 
395 aa  448  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45990  tyrosyl-tRNA synthetase  54.41 
 
 
399 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  2.1558e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  56.5 
 
 
413 aa  448  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2138  tyrosyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 
402 aa  448  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  1.57826e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  53.77 
 
 
400 aa  448  1e-125  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  55.5 
 
 
399 aa  451  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  57 
 
 
413 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  447  1e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  446  1e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0405  tyrosyl-tRNA synthetase  53.67 
 
 
401 aa  445  1e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  3.45962e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  446  1e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  55.7 
 
 
392 aa  447  1e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  56 
 
 
413 aa  445  1e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  446  1e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  447  1e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  447  1e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  447  1e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
413 aa  445  1e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  56.5 
 
 
399 aa  441  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  55.78 
 
 
421 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  53.03 
 
 
398 aa  443  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  5.7737e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  57.43 
 
 
395 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.248e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  56.36 
 
 
399 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  55.95 
 
 
432 aa  441  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  55.25 
 
 
413 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  52.88 
 
 
400 aa  441  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  2.50226e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  53.75 
 
 
399 aa  439  1e-122  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0454  tyrosyl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
401 aa  439  1e-122  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  2.82081e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  52.37 
 
 
399 aa  439  1e-122  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  2.40526e-09  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  55.27 
 
 
421 aa  439  1e-122  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  54.5 
 
 
399 aa  440  1e-122  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  5.83253e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  51.23 
 
 
406 aa  439  1e-122  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  54.75 
 
 
416 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  54.5 
 
 
399 aa  438  1e-121  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.53604e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  54.75 
 
 
416 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  4.81251e-05 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1407  tyrosyl-tRNA synthetase  53.25 
 
 
401 aa  436  1e-121  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.24138  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  51.84 
 
 
407 aa  431  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02940  tyrosyl-tRNA synthetase  53.77 
 
 
403 aa  432  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131327  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1287  tyrosyl-tRNA synthetase  53 
 
 
401 aa  434  1e-120  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  3.94175e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0506  tyrosyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 
410 aa  432  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 
410 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  53.06 
 
 
401 aa  434  1e-120  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  54.68 
 
 
410 aa  429  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  55.61 
 
 
424 aa  430  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>