More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0071 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  53.9 
 
 
719 aa  821  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  58.96 
 
 
719 aa  882  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  100 
 
 
768 aa  1570  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  49.15 
 
 
724 aa  671  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  61.87 
 
 
789 aa  796  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  49.09 
 
 
714 aa  721  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  43.3 
 
 
681 aa  473  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  36.99 
 
 
754 aa  405  1e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  38.07 
 
 
669 aa  389  1e-106  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  35.52 
 
 
742 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  38.23 
 
 
745 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  35.78 
 
 
655 aa  369  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  38.93 
 
 
702 aa  365  3e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  36.59 
 
 
648 aa  363  5e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  36.59 
 
 
648 aa  363  5e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  34.43 
 
 
733 aa  363  6e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  38.93 
 
 
700 aa  360  6e-98  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  37.78 
 
 
726 aa  356  8e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  39.07 
 
 
702 aa  356  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  37.78 
 
 
725 aa  356  1e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  39.32 
 
 
712 aa  355  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  37.63 
 
 
726 aa  355  2e-96  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  37.22 
 
 
710 aa  348  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  38.08 
 
 
725 aa  348  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  36.17 
 
 
717 aa  346  8e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  35.91 
 
 
689 aa  344  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  36.3 
 
 
668 aa  343  7e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  36.25 
 
 
686 aa  341  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  37.07 
 
 
688 aa  340  6e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  36.25 
 
 
685 aa  340  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  36.7 
 
 
686 aa  338  2e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  37.17 
 
 
687 aa  337  5e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  36.26 
 
 
686 aa  336  9e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  35.6 
 
 
694 aa  335  1e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  37.58 
 
 
676 aa  333  6e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  37.4 
 
 
708 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  35.7 
 
 
689 aa  331  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  36.4 
 
 
716 aa  330  5e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  36.4 
 
 
716 aa  330  5e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 
656 aa  329  1e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  36.83 
 
 
750 aa  328  2e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  34.57 
 
 
757 aa  328  2e-88  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  37.09 
 
 
720 aa  327  4e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  34.39 
 
 
755 aa  327  5e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  34.27 
 
 
765 aa  324  5e-87  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.99777e-08 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  32.62 
 
 
749 aa  324  5e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  36.17 
 
 
723 aa  323  8e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  30.33 
 
 
735 aa  322  2e-86  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  36.17 
 
 
723 aa  321  4e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  37.33 
 
 
745 aa  320  6e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.86 
 
 
741 aa  320  7e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  36.69 
 
 
730 aa  320  7e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  35.1 
 
 
687 aa  320  8e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  30.26 
 
 
769 aa  318  2e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  35.57 
 
 
721 aa  319  2e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  35.87 
 
 
726 aa  317  4e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  35.42 
 
 
721 aa  317  7e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.23 
 
 
751 aa  317  7e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  31.6 
 
 
706 aa  316  9e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.83 
 
 
751 aa  315  2e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  31.72 
 
 
789 aa  315  2e-84  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  37.03 
 
 
728 aa  315  2e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.06 
 
 
759 aa  314  4e-84  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.45 
 
 
786 aa  314  4e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.21 
 
 
731 aa  314  5e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0029  DNA-dependent helicase II  35.99 
 
 
720 aa  313  6e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  35.68 
 
 
723 aa  312  1e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.06 
 
 
729 aa  312  1e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  36.54 
 
 
726 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  32.81 
 
 
764 aa  312  2e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.96 
 
 
788 aa  311  4e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  32.91 
 
 
630 aa  310  5e-83  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  33.99 
 
 
848 aa  310  5e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  37.5 
 
 
721 aa  309  1e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  30.62 
 
 
778 aa  309  2e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  32.32 
 
 
744 aa  308  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.52 
 
 
713 aa  308  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.79 
 
 
694 aa  308  3e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  35.38 
 
 
728 aa  306  9e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  31.62 
 
 
772 aa  306  1e-81  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.95 
 
 
787 aa  306  1e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  36.05 
 
 
671 aa  306  1e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  36.36 
 
 
671 aa  304  5e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1120  UvrD/REP helicase  32.13 
 
 
728 aa  304  5e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169782  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  34.43 
 
 
787 aa  303  6e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  35.96 
 
 
726 aa  303  8e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  33.98 
 
 
743 aa  303  9e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1536  UvrD/REP helicase  33.57 
 
 
809 aa  302  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  33.88 
 
 
724 aa  303  1e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  6.07129e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  36.21 
 
 
671 aa  303  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  36.02 
 
 
735 aa  302  1e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.52 
 
 
765 aa  303  1e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  35.21 
 
 
721 aa  303  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  34.97 
 
 
728 aa  302  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  34.76 
 
 
793 aa  302  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  30.31 
 
 
773 aa  301  2e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  34.29 
 
 
840 aa  302  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  33.94 
 
 
829 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.61 
 
 
825 aa  302  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.42 
 
 
785 aa  302  2e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>