More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0061 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  79.1 
 
 
443 aa  696  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  100 
 
 
449 aa  894  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  76.46 
 
 
429 aa  660  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  79.9 
 
 
428 aa  684  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  63.53 
 
 
440 aa  575  1e-163  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  66.5 
 
 
441 aa  568  1e-161  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  47.36 
 
 
449 aa  420  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  53.2 
 
 
382 aa  390  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00498e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  53.2 
 
 
383 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  8.61889e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  52.45 
 
 
383 aa  384  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.68219e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  51.87 
 
 
381 aa  379  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  51.14 
 
 
385 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  45.6 
 
 
475 aa  373  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  51.44 
 
 
406 aa  368  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  44.99 
 
 
531 aa  360  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  51.59 
 
 
401 aa  358  1e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  50.14 
 
 
385 aa  356  5e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  43.85 
 
 
538 aa  355  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  43.26 
 
 
537 aa  352  9e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  43.98 
 
 
539 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  45.96 
 
 
541 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  44.95 
 
 
532 aa  348  8e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  42.36 
 
 
557 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  42.36 
 
 
557 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  40.56 
 
 
556 aa  348  1e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  49.86 
 
 
536 aa  348  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  45.71 
 
 
540 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  46.48 
 
 
544 aa  347  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  46.11 
 
 
537 aa  347  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  45.45 
 
 
536 aa  347  3e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  46.88 
 
 
536 aa  346  5e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  42.13 
 
 
557 aa  346  5e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  45.2 
 
 
538 aa  346  6e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  44.64 
 
 
534 aa  344  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  45.15 
 
 
537 aa  343  5e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  45.15 
 
 
537 aa  343  5e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  45.69 
 
 
535 aa  341  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  44.64 
 
 
516 aa  340  3e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  45.34 
 
 
545 aa  338  8e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  48.41 
 
 
560 aa  338  1e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  47.83 
 
 
545 aa  336  6e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  47.83 
 
 
545 aa  335  7e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  43.34 
 
 
537 aa  333  5e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  44.65 
 
 
552 aa  332  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  44.39 
 
 
535 aa  329  5e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  44.39 
 
 
533 aa  329  5e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  48.22 
 
 
506 aa  329  7e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  42.3 
 
 
544 aa  328  1e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  44.65 
 
 
538 aa  328  2e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  41.25 
 
 
538 aa  328  2e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  43.22 
 
 
534 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  46.67 
 
 
572 aa  325  9e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  42.71 
 
 
535 aa  322  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  42.71 
 
 
535 aa  322  7e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  43.22 
 
 
548 aa  320  2e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  45.11 
 
 
404 aa  321  2e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  5.58995e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  47.04 
 
 
523 aa  320  2e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  46.86 
 
 
365 aa  320  4e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  43.32 
 
 
559 aa  317  4e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  41.41 
 
 
544 aa  316  7e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  41.78 
 
 
538 aa  315  1e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  46.82 
 
 
506 aa  315  1e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  46.57 
 
 
380 aa  315  1e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  41.5 
 
 
495 aa  312  9e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  45.53 
 
 
382 aa  310  3e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.62475e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  46.06 
 
 
368 aa  310  4e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  45.2 
 
 
383 aa  309  5e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  39.27 
 
 
491 aa  308  1e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  45.06 
 
 
346 aa  308  1e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  39.27 
 
 
491 aa  307  2e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  46.06 
 
 
366 aa  308  2e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  1.56927e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  44.48 
 
 
493 aa  308  2e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.24558e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  45.77 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  5.44237e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  45.77 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  5.35514e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  45.77 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.88549e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  45.77 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  5.69611e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  45.77 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.74855e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  45.77 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  1.10606e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  45.48 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  45.77 
 
 
368 aa  306  4e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  41.77 
 
 
498 aa  306  5e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  45.48 
 
 
368 aa  306  7e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  3.81059e-06  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  43.22 
 
 
381 aa  305  8e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  1.41994e-08  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  40.76 
 
 
568 aa  305  8e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  44.61 
 
 
362 aa  305  8e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  1.54988e-12  unclonable  1.37146e-08 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  45.09 
 
 
373 aa  305  2e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  44.19 
 
 
384 aa  304  3e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  38.54 
 
 
491 aa  303  3e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  39.75 
 
 
506 aa  304  3e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  44.24 
 
 
529 aa  302  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4218  NusA antitermination factor  39.71 
 
 
534 aa  301  1e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  1.84689e-05  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  39.02 
 
 
491 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  43.97 
 
 
382 aa  300  4e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  38.78 
 
 
491 aa  300  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  37.88 
 
 
492 aa  299  6e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  39.85 
 
 
493 aa  298  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2012  NusA antitermination factor  38.54 
 
 
506 aa  297  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000880424  normal  0.51664 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  38.63 
 
 
495 aa  296  3e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1700  NusA antitermination factor  40.24 
 
 
492 aa  296  4e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  42.49 
 
 
493 aa  296  5e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>