52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0060 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0060  protein of unknown function DUF448  100 
 
 
81 aa  167  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0496  protein of unknown function DUF448  52.86 
 
 
86 aa  66.6  1e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.85619 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2432  hypothetical protein  50 
 
 
76 aa  63.5  1e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.489483  normal  0.511781 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2413  hypothetical protein  50 
 
 
69 aa  61.6  4e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  39.34 
 
 
212 aa  53.1  1e-06  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.28024e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  40 
 
 
93 aa  52.8  2e-06  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0924  hypothetical protein  43.86 
 
 
92 aa  52.4  2e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000861315  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  45.45 
 
 
93 aa  52.4  2e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1048  hypothetical protein  49.12 
 
 
93 aa  52.4  2e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  4.86204e-15  unclonable  9.11443e-09 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  45.16 
 
 
203 aa  52.8  2e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0709  protein of unknown function DUF448  46.94 
 
 
98 aa  51.6  4e-06  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1959  hypothetical protein  41.82 
 
 
88 aa  51.2  5e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0352105  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2514  hypothetical protein  41.18 
 
 
83 aa  48.5  3e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  40 
 
 
89 aa  48.1  4e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  44 
 
 
205 aa  47.8  5e-05  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  40.38 
 
 
197 aa  47.8  5e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  36.36 
 
 
90 aa  47.4  6e-05  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  38.98 
 
 
200 aa  47.4  7e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3190  protein of unknown function DUF448  38.6 
 
 
89 aa  47.4  7e-05  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  8.66759e-10  normal  0.144703 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  42 
 
 
95 aa  47.4  7e-05  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  8.38952e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2064  hypothetical protein  37.84 
 
 
147 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2081  hypothetical protein  37.84 
 
 
124 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3682  protein of unknown function DUF448  43.64 
 
 
108 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000895939  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07830  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  39.62 
 
 
90 aa  46.6  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2127  hypothetical protein  37.84 
 
 
124 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.144756  decreased coverage  0.00998453 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  34.62 
 
 
92 aa  45.4  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  7.76447e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  39.22 
 
 
197 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  39.22 
 
 
197 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0984  hypothetical protein  40.32 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0693423  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0875  hypothetical protein  41.94 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00646034  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  36.62 
 
 
247 aa  44.7  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  36.92 
 
 
234 aa  45.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4040  hypothetical protein  34.67 
 
 
120 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0434499  normal  0.402305 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1474  protein of unknown function DUF448  52.17 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145328  unclonable  2.73772e-06 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3854  protein of unknown function DUF448  38.46 
 
 
226 aa  44.3  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.785086  normal  0.0743558 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3750  hypothetical protein  43.64 
 
 
118 aa  43.5  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136006  unclonable  1.07528e-05 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23460  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  34.72 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215318  normal  0.0432341 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0474  hypothetical protein  42.86 
 
 
107 aa  42.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  9.88639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2313  hypothetical protein  33.33 
 
 
120 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13241  normal  0.0425099 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0608  protein of unknown function DUF448  36.36 
 
 
88 aa  42  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  1.66199e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  40.38 
 
 
205 aa  42  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2776  hypothetical protein  28.07 
 
 
91 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  1.58399e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1133  hypothetical protein  40 
 
 
104 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  6.28403e-05  normal  0.789236 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1660  hypothetical protein  34.62 
 
 
88 aa  41.2  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1942  hypothetical protein  34.62 
 
 
88 aa  41.2  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14560  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  40.38 
 
 
119 aa  41.2  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00191039  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  41.3 
 
 
215 aa  40.8  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1811  protein of unknown function DUF448  40.74 
 
 
95 aa  40.8  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.391163  normal  0.635855 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  37.74 
 
 
95 aa  40.8  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.59922e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1442  protein of unknown function DUF448  36.73 
 
 
91 aa  40.4  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0162227  normal  0.205781 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1181  hypothetical protein  42.31 
 
 
135 aa  40.4  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0245041  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2205  protein of unknown function DUF448  43.14 
 
 
139 aa  40.4  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  5.79062e-09  decreased coverage  0.000388749 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>