More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0056 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
354 aa  725  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  62.05 
 
 
309 aa  369  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  62.91 
 
 
308 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  61.79 
 
 
308 aa  365  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  53.59 
 
 
323 aa  318  1e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  52.13 
 
 
307 aa  290  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
306 aa  179  6e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.4697e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 
300 aa  177  2e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 
300 aa  178  2e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  3.59434e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 
300 aa  177  2e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  4.36908e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  37.81 
 
 
304 aa  177  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.48729e-10  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 
303 aa  175  9e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  9.98148e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  39.58 
 
 
310 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  4.15787e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 
304 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  8.95381e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 
292 aa  169  6e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  3.66042e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  38.72 
 
 
295 aa  169  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 
294 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.08 
 
 
308 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 
294 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 
304 aa  164  2e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  40.29 
 
 
241 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 
295 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  2.36822e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  35.19 
 
 
309 aa  159  6e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 
302 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  42.47 
 
 
306 aa  159  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 
323 aa  158  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
315 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 
307 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
293 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 
293 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01305  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 
299 aa  157  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.19887  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  38.64 
 
 
371 aa  156  5e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  34.84 
 
 
309 aa  155  8e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 
308 aa  155  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
298 aa  153  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.02 
 
 
302 aa  153  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 
294 aa  152  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  37.4 
 
 
303 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  34.34 
 
 
312 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  37.93 
 
 
304 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 
249 aa  150  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 
307 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  35.21 
 
 
308 aa  150  4e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  37.93 
 
 
304 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  37.6 
 
 
302 aa  150  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.01793e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  34.15 
 
 
303 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 
309 aa  149  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.94 
 
 
299 aa  149  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  31.31 
 
 
298 aa  148  1e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  36.56 
 
 
291 aa  147  2e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  34.34 
 
 
318 aa  147  2e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  39.37 
 
 
307 aa  148  2e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  33.8 
 
 
303 aa  147  2e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  33.46 
 
 
309 aa  147  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  37.64 
 
 
299 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 
309 aa  147  3e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 
305 aa  146  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  37.35 
 
 
300 aa  146  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  1.45112e-05 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
297 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
297 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  37.75 
 
 
314 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 
297 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  34.25 
 
 
283 aa  145  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 
310 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 
310 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.93 
 
 
293 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 
313 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  39.31 
 
 
310 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  35.15 
 
 
297 aa  144  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2813  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 
302 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 
318 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 
289 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 
314 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 
305 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.04 
 
 
291 aa  143  5e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  37.31 
 
 
305 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 
313 aa  142  7e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  36.59 
 
 
301 aa  142  7e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  34.34 
 
 
299 aa  142  7e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  38.46 
 
 
322 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  31.83 
 
 
309 aa  142  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  37.27 
 
 
318 aa  142  1e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 
244 aa  142  1e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 
305 aa  142  1e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  38.02 
 
 
299 aa  142  1e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  35.62 
 
 
313 aa  140  2e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  36.15 
 
 
319 aa  141  2e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  37.92 
 
 
310 aa  141  2e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 
311 aa  140  4e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 
321 aa  140  4e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 
321 aa  140  4e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 
302 aa  140  4e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  34.75 
 
 
304 aa  140  4e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 
302 aa  140  4e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  35.81 
 
 
311 aa  140  4e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 
302 aa  140  4e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.11 
 
 
307 aa  140  4e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  39.7 
 
 
302 aa  139  5e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  37.2 
 
 
293 aa  139  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  34.2 
 
 
317 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  9.61174e-07 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>