More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0037 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  100 
 
 
156 aa  325  1e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  69.68 
 
 
156 aa  227  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  65.13 
 
 
156 aa  213  1e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  58.55 
 
 
158 aa  187  5e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  58.55 
 
 
157 aa  187  5e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  61.18 
 
 
154 aa  179  9e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  62.86 
 
 
151 aa  179  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  56.13 
 
 
153 aa  179  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  53.55 
 
 
170 aa  178  2e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  60.28 
 
 
151 aa  177  5e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  57.05 
 
 
155 aa  176  8e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  62.14 
 
 
151 aa  176  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  54.55 
 
 
156 aa  176  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  56.77 
 
 
154 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  56.77 
 
 
154 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  56.77 
 
 
154 aa  176  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  52.56 
 
 
161 aa  176  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.74708e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  56.86 
 
 
150 aa  174  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  61.31 
 
 
161 aa  173  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  53.21 
 
 
154 aa  173  1e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  53.29 
 
 
159 aa  172  1e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  4.08734e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  52.56 
 
 
156 aa  172  2e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  60 
 
 
154 aa  172  2e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  58.16 
 
 
162 aa  172  2e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  58.57 
 
 
154 aa  171  4e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  56.77 
 
 
155 aa  171  4e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  59.29 
 
 
154 aa  170  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  55.48 
 
 
155 aa  170  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  55.48 
 
 
155 aa  170  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  55.48 
 
 
155 aa  170  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  55.48 
 
 
155 aa  170  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  55.48 
 
 
155 aa  170  6e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  59.29 
 
 
153 aa  170  6e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2066  ribonuclease H  57.24 
 
 
149 aa  170  8e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  55.84 
 
 
154 aa  169  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  57.45 
 
 
154 aa  168  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  54.84 
 
 
155 aa  169  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  55.84 
 
 
154 aa  168  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  57.45 
 
 
154 aa  168  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  52.56 
 
 
154 aa  168  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  51.61 
 
 
158 aa  167  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  59.12 
 
 
155 aa  167  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  52.94 
 
 
156 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.90768e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  52.94 
 
 
156 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.21835e-05  decreased coverage  9.99459e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  52.94 
 
 
156 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  3.9246e-06  decreased coverage  2.34426e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  52.94 
 
 
156 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.35342e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  58.39 
 
 
153 aa  166  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  51.28 
 
 
157 aa  166  8e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  50 
 
 
157 aa  166  9e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  49.02 
 
 
241 aa  166  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  5.26772e-05  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  52.94 
 
 
158 aa  166  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  7.04244e-08  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  50.97 
 
 
161 aa  165  2e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.69175e-08 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  54.19 
 
 
154 aa  164  3e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  49.03 
 
 
154 aa  164  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.6883e-08  hitchhiker  1.57044e-06 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  59.12 
 
 
153 aa  164  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  52.26 
 
 
173 aa  164  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  1.49307e-05  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  50.32 
 
 
156 aa  164  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.6103e-08  hitchhiker  1.32763e-06 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  56.83 
 
 
148 aa  164  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  57.55 
 
 
146 aa  164  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  50.65 
 
 
185 aa  164  6e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.80033e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  56.83 
 
 
148 aa  164  6e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  50 
 
 
163 aa  163  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  50 
 
 
163 aa  163  8e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  55.4 
 
 
145 aa  163  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.68272e-07  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  51.63 
 
 
156 aa  163  9e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  6.16595e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  56.83 
 
 
148 aa  162  1e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  57.55 
 
 
145 aa  162  1e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  56.83 
 
 
148 aa  162  1e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  55.24 
 
 
143 aa  163  1e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  53.25 
 
 
154 aa  162  1e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  56.83 
 
 
148 aa  162  1e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  49.03 
 
 
158 aa  163  1e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  1.28694e-14 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  56.83 
 
 
148 aa  162  1e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  56.83 
 
 
148 aa  162  1e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  56.83 
 
 
148 aa  162  1e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  57.86 
 
 
154 aa  162  2e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  56.12 
 
 
148 aa  162  2e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  56.12 
 
 
151 aa  162  2e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  58.82 
 
 
148 aa  162  2e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  51.97 
 
 
158 aa  162  2e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  58.87 
 
 
149 aa  162  2e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  54.9 
 
 
159 aa  161  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  53.25 
 
 
157 aa  161  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  49.35 
 
 
159 aa  161  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  57.25 
 
 
147 aa  160  5e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  51.32 
 
 
158 aa  160  5e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  53.96 
 
 
146 aa  160  6e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  56.2 
 
 
147 aa  160  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  1.65419e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  50.69 
 
 
150 aa  160  6e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  54.79 
 
 
148 aa  160  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  51.97 
 
 
158 aa  160  8e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.63424e-06  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  51.97 
 
 
158 aa  160  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.74591e-07  normal  0.489263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>