More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0022 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  46.96 
 
 
1127 aa  962  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  45.35 
 
 
1089 aa  899  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  42.51 
 
 
1033 aa  820  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1174 aa  2389  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  42.12 
 
 
1027 aa  747  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  39.03 
 
 
1032 aa  622  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  39.15 
 
 
1050 aa  614  1e-174  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  38.33 
 
 
1089 aa  612  1e-173  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  36.04 
 
 
1232 aa  581  1e-164  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  37.81 
 
 
1078 aa  578  1e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  36.65 
 
 
1082 aa  574  1e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  37.27 
 
 
1001 aa  572  1e-161  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  39.41 
 
 
1132 aa  567  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  41.6 
 
 
1075 aa  557  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  63.66 
 
 
1244 aa  555  1e-156  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0167  UvrD/REP helicase  36.62 
 
 
1161 aa  549  1e-154  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  37.01 
 
 
1067 aa  537  1e-151  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  40.2 
 
 
1124 aa  514  1e-144  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  39.67 
 
 
1062 aa  506  1e-142  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  47.04 
 
 
1156 aa  463  1e-128  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3587  UvrD/REP helicase  54.27 
 
 
446 aa  431  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000249291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7469  ATP-dependent DNA helicase  51.98 
 
 
428 aa  426  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.747593 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0632  hypothetical protein  49.19 
 
 
414 aa  424  1e-117  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2545  hypothetical protein  49.06 
 
 
408 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  6.98733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2955  hypothetical protein  46.59 
 
 
411 aa  359  2e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1328  hypothetical protein  46.46 
 
 
411 aa  358  3e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.06195e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1268  PHP domain protein  43.69 
 
 
414 aa  354  5e-96  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.128961  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1564  hypothetical protein  30.25 
 
 
457 aa  177  8e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 
742 aa  169  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0764  phosphotransferase domain-containing protein  32.02 
 
 
401 aa  168  5e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.311457  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1399  PHP-like protein  29.63 
 
 
409 aa  165  6e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.88 
 
 
785 aa  163  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  26.36 
 
 
705 aa  160  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  28.16 
 
 
798 aa  160  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.89 
 
 
737 aa  156  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  23.67 
 
 
696 aa  156  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1107  phosphotransferase domain-containing protein  26.35 
 
 
393 aa  156  2e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.36 
 
 
729 aa  155  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1319  phosphotransferase domain-containing protein  25.52 
 
 
424 aa  155  5e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  27.22 
 
 
797 aa  154  6e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  9.95546e-08 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 
795 aa  154  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1094  phosphotransferase domain-containing protein  26.84 
 
 
394 aa  152  3e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0508566  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0960  PHP domain protein  32.69 
 
 
372 aa  152  5e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131519  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  26.96 
 
 
795 aa  152  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  27.04 
 
 
816 aa  151  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 
817 aa  151  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  27.34 
 
 
800 aa  150  1e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.27 
 
 
743 aa  150  1e-34  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 
790 aa  149  2e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.11 
 
 
662 aa  150  2e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  26.86 
 
 
659 aa  149  2e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  26.63 
 
 
726 aa  150  2e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  24.43 
 
 
744 aa  149  4e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  28.51 
 
 
646 aa  148  7e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0852  phosphotransferase domain-containing protein  25.53 
 
 
394 aa  148  7e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.017726  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  26.35 
 
 
641 aa  148  8e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2919  UvrD/REP helicase  24.39 
 
 
621 aa  147  8e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 
668 aa  147  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  23.8 
 
 
749 aa  147  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.5 
 
 
718 aa  146  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.35 
 
 
738 aa  146  3e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1581  phosphotransferase domain-containing protein  26 
 
 
394 aa  145  4e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.647284  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  26.93 
 
 
715 aa  144  7e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 
825 aa  144  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  21.53 
 
 
735 aa  144  1e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  22.62 
 
 
706 aa  144  1e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 
826 aa  144  1e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  27.55 
 
 
659 aa  143  1e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  24.93 
 
 
816 aa  143  2e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 
760 aa  143  2e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 
787 aa  142  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1296  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 
373 aa  142  3e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.51711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.78 
 
 
763 aa  142  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  25.92 
 
 
706 aa  142  4e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  27.4 
 
 
728 aa  142  5e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  24.85 
 
 
638 aa  142  5e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  24.38 
 
 
714 aa  142  5e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  9.16129e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0461  UvrD/REP helicase  23.43 
 
 
726 aa  141  6e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  23.3 
 
 
738 aa  141  6e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.03 
 
 
730 aa  140  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.03 
 
 
730 aa  140  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.39 
 
 
876 aa  140  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  24.96 
 
 
630 aa  139  2e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  24.5 
 
 
738 aa  140  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  24.14 
 
 
681 aa  139  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.29 
 
 
729 aa  139  3e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  26.58 
 
 
721 aa  139  3e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.62 
 
 
838 aa  139  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.7 
 
 
741 aa  139  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.58 
 
 
751 aa  138  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.58 
 
 
747 aa  139  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  22.58 
 
 
753 aa  138  5e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.58 
 
 
751 aa  138  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  22.58 
 
 
751 aa  139  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1120  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 
728 aa  138  6e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169782  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  24.82 
 
 
680 aa  138  6e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.58 
 
 
747 aa  138  6e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.58 
 
 
751 aa  138  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  26.73 
 
 
723 aa  137  1e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  26.41 
 
 
858 aa  137  1e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>