More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0012 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0012  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
337 aa  676  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2040  methionyl-tRNA formyltransferase  50.31 
 
 
369 aa  276  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  48.04 
 
 
330 aa  255  7e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0014  methionyl-tRNA formyltransferase  46.81 
 
 
329 aa  251  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  46.2 
 
 
322 aa  245  1e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2841  methionyl-tRNA formyltransferase  43.38 
 
 
334 aa  236  5e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.671161  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  46.25 
 
 
310 aa  234  2e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  45.31 
 
 
310 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  46.62 
 
 
314 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  45.45 
 
 
310 aa  232  7e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  6.11556e-15 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  45.34 
 
 
319 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  44.72 
 
 
314 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  44.27 
 
 
315 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  44.27 
 
 
315 aa  230  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  44.27 
 
 
315 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  45 
 
 
310 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  4.39837e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  44.27 
 
 
315 aa  230  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  44.27 
 
 
315 aa  230  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  43.95 
 
 
315 aa  229  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  44.27 
 
 
315 aa  229  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  43.95 
 
 
315 aa  229  6e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  44.69 
 
 
310 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  9.86218e-08 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  45.22 
 
 
311 aa  228  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  43.95 
 
 
315 aa  228  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  44.69 
 
 
308 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  41.59 
 
 
315 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  46.44 
 
 
348 aa  226  5e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.596014  normal  0.0248257 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  42.22 
 
 
315 aa  225  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  43.09 
 
 
312 aa  223  4e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  44.37 
 
 
315 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  44.37 
 
 
315 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  44.37 
 
 
315 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  44.37 
 
 
315 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  44.37 
 
 
315 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  47.5 
 
 
314 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  44.83 
 
 
318 aa  219  5e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  42.68 
 
 
324 aa  219  6e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  41.77 
 
 
318 aa  219  6e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  41.77 
 
 
318 aa  219  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  41.85 
 
 
318 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  41.46 
 
 
318 aa  217  3e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  42.22 
 
 
321 aa  217  3e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  41.27 
 
 
320 aa  216  4e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  41.46 
 
 
318 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  40.32 
 
 
315 aa  216  6e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  40 
 
 
314 aa  215  7e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  41.08 
 
 
318 aa  215  7e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  41.46 
 
 
318 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  42.31 
 
 
313 aa  215  9e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  41.46 
 
 
318 aa  214  1e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.88499e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  41.72 
 
 
329 aa  214  2e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  41.46 
 
 
318 aa  214  2e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.57015e-05 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1439  methionyl-tRNA formyltransferase  39.43 
 
 
314 aa  214  2e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  39.49 
 
 
309 aa  214  2e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0547193  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  41.14 
 
 
318 aa  213  4e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  41.99 
 
 
313 aa  213  5e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2467  methionyl-tRNA formyltransferase  49.19 
 
 
363 aa  212  6e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0926432 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  42.81 
 
 
315 aa  212  6e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  42.99 
 
 
308 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  46.3 
 
 
325 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  45.16 
 
 
314 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  39.69 
 
 
319 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  40.89 
 
 
318 aa  210  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  42.09 
 
 
315 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 
318 aa  209  5e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  41.07 
 
 
321 aa  209  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  39.81 
 
 
316 aa  209  7e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  39.88 
 
 
314 aa  209  7e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  42.77 
 
 
315 aa  208  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  42.17 
 
 
315 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2139  methionyl-tRNA formyltransferase  49.19 
 
 
361 aa  208  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931795 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  42.77 
 
 
315 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  40.32 
 
 
315 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  42.77 
 
 
315 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  41.49 
 
 
332 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  41.07 
 
 
322 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  41.35 
 
 
314 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  39.21 
 
 
317 aa  206  7e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  41.72 
 
 
323 aa  206  7e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2272  methionyl-tRNA formyltransferase  42.99 
 
 
320 aa  205  9e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00775496 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  39.01 
 
 
312 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1321  methionyl-tRNA formyltransferase  43.09 
 
 
314 aa  204  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.160366  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  38.92 
 
 
327 aa  201  2e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  42.95 
 
 
307 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  42.04 
 
 
320 aa  200  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  41.48 
 
 
314 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  41.48 
 
 
314 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  41.03 
 
 
316 aa  199  8e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  44.38 
 
 
325 aa  198  1e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  40.51 
 
 
312 aa  197  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  42.63 
 
 
297 aa  196  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  41.08 
 
 
306 aa  195  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  43.64 
 
 
311 aa  194  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  43.77 
 
 
307 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  41.82 
 
 
312 aa  195  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0864  methionyl-tRNA formyltransferase  37.9 
 
 
311 aa  194  2e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  6.9502e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  41.64 
 
 
306 aa  193  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  36.88 
 
 
310 aa  192  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0782  methionyl-tRNA formyltransferase  36.53 
 
 
310 aa  192  6e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.606283  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 
317 aa  192  6e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>