More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0003 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0003  Chromosomal replication initiator DnaA domain protein  100 
 
 
457 aa  942    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3097  Sigma 54 interacting domain protein  36.18 
 
 
426 aa  260  4e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2081  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.1 
 
 
444 aa  248  1e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0007  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.62 
 
 
433 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.55 
 
 
436 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2470  Chromosomal replication initiator DnaA domain protein  31.05 
 
 
451 aa  192  9e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000450435  decreased coverage  0.000021733 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  25.9 
 
 
446 aa  162  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  25.97 
 
 
446 aa  162  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  25.97 
 
 
446 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  26.93 
 
 
449 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 
446 aa  161  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 
446 aa  161  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 
446 aa  161  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 
446 aa  161  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  25.76 
 
 
446 aa  161  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  26.58 
 
 
450 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.12 
 
 
458 aa  159  7e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0001  chromosomal replication initiation protein  26.6 
 
 
450 aa  159  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000322878  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  25.65 
 
 
446 aa  158  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  25.69 
 
 
446 aa  158  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  26.64 
 
 
450 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1100  chromosomal replication initiation protein  27.47 
 
 
482 aa  157  3e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.018395 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.75 
 
 
439 aa  157  4e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000109214  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  28 
 
 
461 aa  156  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  25.33 
 
 
446 aa  156  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.19 
 
 
587 aa  156  8e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00000000718914  hitchhiker  0.000588843 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  30 
 
 
506 aa  155  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  29.63 
 
 
443 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0003  chromosomal replication initiation protein  28.74 
 
 
453 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.72 
 
 
566 aa  153  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0000150843  normal  0.201816 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0001  chromosomal replication initiation protein  28.74 
 
 
453 aa  153  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.755155  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  26.4 
 
 
442 aa  152  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.23 
 
 
591 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.000633656  unclonable  0.0000000292755 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  27.2 
 
 
445 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  27.19 
 
 
453 aa  152  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  27.17 
 
 
477 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  27.19 
 
 
453 aa  152  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  29 
 
 
448 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.65 
 
 
534 aa  150  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  28.05 
 
 
451 aa  150  5e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.56 
 
 
442 aa  150  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  23.88 
 
 
453 aa  150  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  25.17 
 
 
452 aa  150  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.91 
 
 
439 aa  150  6e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0001  chromosomal replication initiation protein  29.66 
 
 
615 aa  149  7e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  unclonable  0.000000000479277  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0001  chromosomal replication initiation protein  24.61 
 
 
460 aa  149  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.831436  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0198  chromosomal replication initiation protein  25.17 
 
 
460 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00733858  normal  0.0821352 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.75 
 
 
454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  26.15 
 
 
457 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  26.15 
 
 
457 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.26 
 
 
444 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00010  chromosomal replication initiation protein  28.76 
 
 
597 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000000278732  normal  0.616682 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.48 
 
 
528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.561876  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0001  chromosomal replication initiation protein  25.11 
 
 
456 aa  148  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0001  DNA replication initiation ATPase- like protein  28.41 
 
 
582 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00000523076  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  27.12 
 
 
460 aa  147  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.44 
 
 
463 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.34 
 
 
562 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  unclonable  0.0000000690317  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0001  chromosomal replication initiation protein  26.8 
 
 
453 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  26.84 
 
 
458 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.51 
 
 
527 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.501183 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.79 
 
 
721 aa  145  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000423182  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.37 
 
 
527 aa  144  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  26.46 
 
 
450 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0001  chromosomal replication initiation protein  27.75 
 
 
445 aa  144  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00343862  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  26.1 
 
 
470 aa  144  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.44 
 
 
443 aa  144  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  25.17 
 
 
459 aa  143  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.27 
 
 
468 aa  144  5e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  27.02 
 
 
455 aa  143  8e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  27.02 
 
 
455 aa  143  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.75 
 
 
480 aa  143  8e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0001  chromosomal replication initiation protein  29.68 
 
 
472 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000368077  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.22 
 
 
461 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000704659  normal  0.0525005 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.89 
 
 
652 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.00000505913  hitchhiker  0.00770539 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.37 
 
 
570 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000116219  normal  0.231349 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0001  chromosomal replication initiation protein  28.65 
 
 
577 aa  142  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.25 
 
 
503 aa  141  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3606  chromosomal replication initiator protein DnaA  23.93 
 
 
476 aa  140  4.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.37 
 
 
518 aa  140  6e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.7384  hitchhiker  0.00538334 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.61 
 
 
584 aa  140  6e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.38 
 
 
454 aa  139  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1436  chromosomal replication initiation protein  27.7 
 
 
500 aa  139  1e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06291  chromosomal replication initiation protein  23.34 
 
 
463 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  27.48 
 
 
440 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.95 
 
 
515 aa  137  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.36 
 
 
449 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.06 
 
 
450 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000842824  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1853  chromosomal replication initiation protein  27.2 
 
 
436 aa  137  5e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.79 
 
 
509 aa  137  5e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.67 
 
 
469 aa  136  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0827  chromosomal replication initiation protein  28.45 
 
 
492 aa  136  7.000000000000001e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  25.84 
 
 
451 aa  136  7.000000000000001e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.4 
 
 
489 aa  136  9e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  26.21 
 
 
436 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.88 
 
 
447 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0001  chromosomal replication initiation protein  22.57 
 
 
492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.943807  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.92 
 
 
476 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  unclonable  0.00000000240109  normal  0.165841 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0001  chromosomal replication initiation protein  26.98 
 
 
440 aa  135  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.203604  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  26.45 
 
 
452 aa  134  3e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>