287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0060 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0060  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 86 bp  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 86 bp  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0016  tRNA-Tyr  95.18 
 
 		 86 bp  133  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0018  tRNA-Tyr  90.36 
 
 		 86 bp  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000576099  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 84 bp  91.7  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0012  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 84 bp  91.7  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000365391  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 82 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0008  tRNA-Tyr  89.29 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000321728  hitchhiker  0.00000918644 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>