More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3305 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 
545 aa  1095  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  68.24 
 
 
520 aa  626  1e-178  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  62.27 
 
 
538 aa  619  1e-176  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  53.26 
 
 
606 aa  560  1e-158  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  52.98 
 
 
659 aa  532  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  52.98 
 
 
659 aa  531  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  51.23 
 
 
657 aa  506  1e-142  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  51.43 
 
 
551 aa  499  1e-140  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  51.5 
 
 
550 aa  494  1e-138  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  50.2 
 
 
667 aa  491  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  50.41 
 
 
637 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  53.25 
 
 
667 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  53.25 
 
 
667 aa  488  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  53.37 
 
 
660 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  53.25 
 
 
667 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  53.06 
 
 
667 aa  487  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  50 
 
 
661 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  52.76 
 
 
668 aa  481  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  50.72 
 
 
542 aa  480  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  51.84 
 
 
661 aa  478  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  51 
 
 
664 aa  476  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  50 
 
 
661 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  49.25 
 
 
541 aa  472  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  48.85 
 
 
574 aa  474  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  53.27 
 
 
658 aa  474  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 
551 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  51.91 
 
 
685 aa  474  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  52.73 
 
 
661 aa  474  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  52.74 
 
 
673 aa  474  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  49.9 
 
 
551 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  48.99 
 
 
660 aa  474  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  52.86 
 
 
658 aa  469  1e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  52.24 
 
 
658 aa  471  1e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  50.29 
 
 
534 aa  469  1e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  50.79 
 
 
555 aa  468  1e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  52.24 
 
 
658 aa  470  1e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  50.21 
 
 
546 aa  471  1e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  52.86 
 
 
658 aa  469  1e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  52.86 
 
 
658 aa  469  1e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  52.24 
 
 
658 aa  468  1e-130  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  48.98 
 
 
656 aa  466  1e-130  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  49.7 
 
 
682 aa  466  1e-130  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  52.65 
 
 
658 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  50.4 
 
 
549 aa  463  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  47.38 
 
 
530 aa  461  1e-128  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  51.61 
 
 
535 aa  460  1e-128  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  46.73 
 
 
582 aa  456  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  48.88 
 
 
682 aa  456  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  45.38 
 
 
526 aa  453  1e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  51 
 
 
583 aa  454  1e-126  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  49.8 
 
 
551 aa  452  1e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  48.32 
 
 
541 aa  452  1e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  51.61 
 
 
548 aa  455  1e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  51.44 
 
 
658 aa  455  1e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  47.16 
 
 
553 aa  445  1e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  46.86 
 
 
573 aa  448  1e-124  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  46.69 
 
 
646 aa  446  1e-124  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  48.43 
 
 
554 aa  445  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  48.1 
 
 
523 aa  442  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  45.32 
 
 
529 aa  445  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  47.13 
 
 
556 aa  442  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  47.86 
 
 
682 aa  442  1e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  50.5 
 
 
551 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  46.21 
 
 
554 aa  439  1e-122  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  45.45 
 
 
553 aa  436  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  44.58 
 
 
538 aa  436  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  45.95 
 
 
539 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  46.15 
 
 
554 aa  438  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  48.28 
 
 
524 aa  436  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  45.76 
 
 
584 aa  435  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  8.57259e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  46.18 
 
 
539 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  48.52 
 
 
687 aa  429  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  48.48 
 
 
698 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  45.65 
 
 
526 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  46.09 
 
 
523 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  48.55 
 
 
676 aa  426  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  42.8 
 
 
671 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  47.27 
 
 
540 aa  428  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  42.97 
 
 
653 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  43.11 
 
 
644 aa  423  1e-117  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  45.49 
 
 
550 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  49 
 
 
535 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  47.19 
 
 
503 aa  420  1e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  46.09 
 
 
676 aa  422  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  43.84 
 
 
567 aa  418  1e-115  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  48.86 
 
 
525 aa  416  1e-115  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  44.73 
 
 
691 aa  417  1e-115  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  43.74 
 
 
606 aa  416  1e-115  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  45.14 
 
 
526 aa  417  1e-115  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1371  choline/carnitine/betaine transporter  50.23 
 
 
689 aa  416  1e-115  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.274218  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  44.98 
 
 
529 aa  417  1e-115  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  45.19 
 
 
506 aa  417  1e-115  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  44.42 
 
 
676 aa  418  1e-115  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  45.8 
 
 
673 aa  417  1e-115  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.28 
 
 
578 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  46.46 
 
 
531 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  47.62 
 
 
676 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  45.44 
 
 
526 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  42.27 
 
 
494 aa  414  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  45.03 
 
 
525 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>