More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2834 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  100 
 
 		 309 aa  627  1e-179  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 314 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 314 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  37.16 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  33.02 
 
 		 327 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 323 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.26 
 
 		 322 aa  180  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 318 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 330 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  38.67 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  34.78 
 
 		 313 aa  172  6.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 329 aa  170  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.56 
 
 		 300 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.45 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  36.58 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.76 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 329 aa  168  9e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  33.44 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.92 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 321 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 327 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.7 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.17 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.25 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 311 aa  162  7e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 310 aa  162  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 311 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.9 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 432 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.55 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.22 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.67 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>