184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2145 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  100 
 
 
335 aa  686    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  35.78 
 
 
318 aa  192  8e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  33.53 
 
 
333 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  37.65 
 
 
312 aa  182  6e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  32.66 
 
 
292 aa  163  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  34.24 
 
 
325 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  36.59 
 
 
272 aa  88.2  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  34.33 
 
 
271 aa  86.7  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  37.7 
 
 
271 aa  86.3  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  30.95 
 
 
264 aa  86.3  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  31.65 
 
 
278 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  31.79 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  33.58 
 
 
275 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  35.14 
 
 
283 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  33.94 
 
 
275 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  31.82 
 
 
239 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  32.43 
 
 
283 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  29.82 
 
 
345 aa  75.9  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  21.41 
 
 
287 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  27.78 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  26.26 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  33.6 
 
 
232 aa  71.6  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  35.58 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  22.32 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  28.7 
 
 
258 aa  70.1  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  33.9 
 
 
348 aa  68.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  35.34 
 
 
305 aa  68.6  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  35.34 
 
 
300 aa  68.6  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  32.09 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  27.27 
 
 
285 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  32.73 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 
257 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  29.63 
 
 
350 aa  67  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  28.91 
 
 
222 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  25.44 
 
 
305 aa  64.7  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  27.81 
 
 
336 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  29.55 
 
 
323 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  30 
 
 
345 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  26.17 
 
 
328 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  24.57 
 
 
263 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  33.86 
 
 
243 aa  63.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  31.53 
 
 
261 aa  63.5  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  26.79 
 
 
345 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  30.25 
 
 
321 aa  62.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  26 
 
 
329 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  30.39 
 
 
279 aa  62.8  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  27.12 
 
 
265 aa  62.8  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  25 
 
 
307 aa  62.8  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  26.27 
 
 
271 aa  62.4  0.000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 
243 aa  62  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  29.66 
 
 
242 aa  61.2  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  25.42 
 
 
271 aa  61.2  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  27.18 
 
 
261 aa  61.6  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  28.99 
 
 
262 aa  62  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  27.78 
 
 
262 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  28.35 
 
 
259 aa  60.8  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  21.98 
 
 
256 aa  60.1  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  26.72 
 
 
285 aa  59.7  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  26.61 
 
 
257 aa  59.7  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  26.36 
 
 
236 aa  59.7  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  33.33 
 
 
301 aa  59.7  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  33.94 
 
 
313 aa  59.7  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  30.88 
 
 
304 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  27.62 
 
 
293 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  27.93 
 
 
267 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  29.75 
 
 
343 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  24.28 
 
 
269 aa  57.4  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  29.41 
 
 
341 aa  57  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  30.15 
 
 
341 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  24.58 
 
 
268 aa  56.6  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  28.57 
 
 
395 aa  56.2  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  26.22 
 
 
291 aa  56.2  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  25.45 
 
 
505 aa  56.2  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  27.97 
 
 
243 aa  55.8  0.0000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
339 aa  55.8  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  30.11 
 
 
263 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  28.06 
 
 
386 aa  55.8  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  30.63 
 
 
254 aa  55.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  25.42 
 
 
261 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  26.96 
 
 
274 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  26.72 
 
 
488 aa  55.1  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  26.09 
 
 
284 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  25.42 
 
 
261 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  26.02 
 
 
377 aa  54.7  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
253 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  26.72 
 
 
488 aa  55.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  21.32 
 
 
242 aa  55.1  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  28.23 
 
 
253 aa  54.3  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  26.67 
 
 
258 aa  54.3  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  23.73 
 
 
272 aa  54.3  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  29.13 
 
 
321 aa  53.9  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  27.18 
 
 
245 aa  53.9  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  26.47 
 
 
333 aa  53.9  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 
252 aa  52.8  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  27.78 
 
 
254 aa  52.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 
250 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  26.32 
 
 
249 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  30.28 
 
 
329 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  26.61 
 
 
250 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>