223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2137 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  100 
 
 
317 aa  659    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1246  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  82.91 
 
 
317 aa  548  1e-155  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  81.33 
 
 
317 aa  538  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.113366 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  76.66 
 
 
319 aa  524  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  72.47 
 
 
317 aa  497  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1039  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  69.94 
 
 
315 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.370707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3755  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  63.33 
 
 
321 aa  409  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  59.03 
 
 
312 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0719  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.59 
 
 
324 aa  393  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.534448 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1732  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  58.45 
 
 
322 aa  359  4e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.32 
 
 
377 aa  333  2e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  51.33 
 
 
379 aa  330  2e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.17 
 
 
373 aa  322  7e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.83 
 
 
373 aa  318  7e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.35 
 
 
417 aa  315  6e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  48.82 
 
 
367 aa  309  5e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.04 
 
 
415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  51.2 
 
 
393 aa  306  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.47 
 
 
368 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.47 
 
 
368 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.84 
 
 
400 aa  301  1e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0481  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  50.17 
 
 
374 aa  300  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.04 
 
 
378 aa  300  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  47.21 
 
 
340 aa  300  3e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  47.21 
 
 
379 aa  299  5e-80  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  47.21 
 
 
360 aa  299  5e-80  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  49 
 
 
361 aa  298  6e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  47.7 
 
 
378 aa  298  6e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0514  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.83 
 
 
374 aa  298  8e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.935474  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0509  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.83 
 
 
374 aa  298  8e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  46.89 
 
 
360 aa  297  1e-79  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  47.54 
 
 
378 aa  296  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  48.2 
 
 
360 aa  296  3e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.34 
 
 
376 aa  296  3e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  48.52 
 
 
378 aa  296  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.2 
 
 
378 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.2 
 
 
378 aa  295  5e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.2 
 
 
378 aa  295  5e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  45.98 
 
 
381 aa  295  5e-79  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.2 
 
 
378 aa  295  6e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.68 
 
 
378 aa  295  7e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.87 
 
 
378 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.87 
 
 
378 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.87 
 
 
378 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  47.06 
 
 
379 aa  294  1e-78  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.54 
 
 
378 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3523  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.69 
 
 
369 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.584249 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.25 
 
 
364 aa  292  5e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  47.54 
 
 
383 aa  292  5e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.57 
 
 
378 aa  291  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.04 
 
 
378 aa  289  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  47.87 
 
 
381 aa  289  4e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  48.21 
 
 
401 aa  287  1e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4088  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  51.01 
 
 
393 aa  287  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.541909  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  44.59 
 
 
363 aa  287  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.87 
 
 
362 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  45.95 
 
 
362 aa  286  4e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.81 
 
 
370 aa  284  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2534  hydrogenase 2 small subunit  47.51 
 
 
375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457974  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  46.23 
 
 
383 aa  282  4.0000000000000003e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.39 
 
 
363 aa  282  4.0000000000000003e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  43.93 
 
 
364 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1269  Hydrogenase (acceptor)  46.79 
 
 
355 aa  281  8.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  42.9 
 
 
368 aa  281  9e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  46.64 
 
 
375 aa  281  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  48.49 
 
 
394 aa  281  1e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.89 
 
 
385 aa  281  1e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.95 
 
 
364 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.93 
 
 
364 aa  281  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3332  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3403  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3397  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3323  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629462  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.16 
 
 
358 aa  279  4e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3498  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.271513  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.16 
 
 
359 aa  279  5e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02873  hydrogenase-2, small chain  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0699  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3283  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02822  hypothetical protein  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3424  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  46.53 
 
 
358 aa  278  8e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3177  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3466  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0696  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4309  hydrogenase 2 small subunit  46.46 
 
 
372 aa  278  8e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  42.36 
 
 
377 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0855  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.59 
 
 
361 aa  275  7e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.61 
 
 
373 aa  275  8e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  41.72 
 
 
374 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0972  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.15 
 
 
360 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00108314  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.03 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2914  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.9 
 
 
394 aa  271  8.000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.188453 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0837  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.37 
 
 
367 aa  271  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0180  uptake hydrogenase small subunit  45.16 
 
 
325 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1369  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.25 
 
 
391 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.04 
 
 
370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.13 
 
 
386 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.530121  normal  0.303064 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2128  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.72 
 
 
398 aa  267  2e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2506  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.15 
 
 
376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.139744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>