More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2052 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  89.15 
 
 
590 aa  1062    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  100 
 
 
589 aa  1192    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  89.32 
 
 
590 aa  1079    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  78.78 
 
 
588 aa  932    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  85.91 
 
 
589 aa  1021    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  79.02 
 
 
587 aa  941    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  52.14 
 
 
599 aa  563  1.0000000000000001e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.02 
 
 
697 aa  560  1e-158  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.26 
 
 
802 aa  535  1e-151  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  50.25 
 
 
588 aa  537  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  48.26 
 
 
805 aa  535  1e-151  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.92 
 
 
586 aa  526  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  51.33 
 
 
584 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  51.37 
 
 
579 aa  525  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.83 
 
 
584 aa  524  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.11 
 
 
577 aa  520  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  51.01 
 
 
586 aa  521  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.92 
 
 
738 aa  500  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  49.4 
 
 
574 aa  499  1e-140  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
602 aa  489  1e-137  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.03 
 
 
650 aa  479  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
638 aa  478  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.9 
 
 
598 aa  479  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  45.3 
 
 
602 aa  478  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  45.38 
 
 
599 aa  473  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.1 
 
 
619 aa  472  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.59 
 
 
649 aa  472  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.7 
 
 
666 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.46 
 
 
623 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.57 
 
 
656 aa  471  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.14 
 
 
610 aa  469  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.62 
 
 
623 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.45 
 
 
672 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.45 
 
 
672 aa  468  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.85 
 
 
623 aa  465  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.17 
 
 
608 aa  467  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.88 
 
 
612 aa  462  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.2 
 
 
666 aa  465  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.08 
 
 
665 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.07 
 
 
671 aa  464  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.51 
 
 
624 aa  463  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.75 
 
 
631 aa  462  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  44.11 
 
 
617 aa  456  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.18 
 
 
707 aa  457  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.44 
 
 
659 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.47 
 
 
666 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.74 
 
 
620 aa  457  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.65 
 
 
624 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  42.93 
 
 
644 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.67 
 
 
613 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.41 
 
 
620 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  42.35 
 
 
616 aa  451  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.9 
 
 
718 aa  449  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  43.09 
 
 
613 aa  452  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.63 
 
 
616 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.63 
 
 
616 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.9 
 
 
666 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.79 
 
 
616 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.83 
 
 
819 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.97 
 
 
621 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.52 
 
 
667 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  43.49 
 
 
613 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.49 
 
 
613 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.75 
 
 
613 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.75 
 
 
613 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.43 
 
 
783 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.75 
 
 
613 aa  444  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.3 
 
 
631 aa  442  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  43.49 
 
 
613 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  61.83 
 
 
805 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.75 
 
 
613 aa  444  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.47 
 
 
616 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.92 
 
 
855 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.49 
 
 
613 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.33 
 
 
613 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.13 
 
 
657 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  42.41 
 
 
656 aa  439  9.999999999999999e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  43.79 
 
 
594 aa  441  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.62 
 
 
611 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  42.97 
 
 
617 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  40.09 
 
 
746 aa  438  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.64 
 
 
666 aa  436  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.19 
 
 
805 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.19 
 
 
805 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.86 
 
 
797 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  42.58 
 
 
621 aa  431  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  42.58 
 
 
621 aa  431  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.99 
 
 
754 aa  432  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.86 
 
 
801 aa  429  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  42.26 
 
 
783 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  41.21 
 
 
784 aa  429  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  43 
 
 
698 aa  431  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  43 
 
 
698 aa  431  1e-119  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.92 
 
 
635 aa  426  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.22 
 
 
781 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.25 
 
 
754 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.58 
 
 
900 aa  421  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41 
 
 
808 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  39.97 
 
 
622 aa  419  1e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
736 aa  421  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>