More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2027 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  100 
 
 
357 aa  733    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.31 
 
 
433 aa  279  4e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.05 
 
 
390 aa  266  5e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.74 
 
 
334 aa  257  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.28 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.43 
 
 
377 aa  219  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.09 
 
 
454 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  37.74 
 
 
458 aa  146  5e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.59 
 
 
457 aa  142  9e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.41 
 
 
464 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.65 
 
 
457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.62 
 
 
311 aa  138  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.84 
 
 
459 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.33 
 
 
476 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  38.74 
 
 
471 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.86 
 
 
509 aa  132  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.03 
 
 
462 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.15 
 
 
485 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32 
 
 
455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.51 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.95 
 
 
414 aa  127  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.62 
 
 
469 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.37 
 
 
241 aa  127  3e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.01 
 
 
468 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.82 
 
 
423 aa  126  6e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.24 
 
 
306 aa  126  6e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.2 
 
 
464 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.67 
 
 
456 aa  125  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.62 
 
 
470 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.59 
 
 
524 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.98 
 
 
469 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.32 
 
 
480 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.49 
 
 
419 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.3 
 
 
481 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  31.21 
 
 
476 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 
464 aa  124  4e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.78 
 
 
476 aa  123  5e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  30.96 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.96 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.4 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.96 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  30.96 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  30.96 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  30.96 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  30.96 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.4 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  32.6 
 
 
470 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.94 
 
 
325 aa  119  6e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.99 
 
 
476 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  29.49 
 
 
354 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.77 
 
 
521 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.29 
 
 
444 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  36.84 
 
 
430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.96 
 
 
436 aa  117  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.84 
 
 
471 aa  117  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.1 
 
 
376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.46 
 
 
470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.23 
 
 
476 aa  116  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 
456 aa  117  5e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.86 
 
 
442 aa  116  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.13 
 
 
472 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.27 
 
 
457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.05 
 
 
492 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.01 
 
 
334 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 
450 aa  113  7.000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.85 
 
 
334 aa  112  9e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.28 
 
 
442 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  35.38 
 
 
454 aa  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0275  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  30.41 
 
 
431 aa  111  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.538522 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  27.83 
 
 
332 aa  110  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.41 
 
 
473 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.39 
 
 
457 aa  110  5e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.28 
 
 
326 aa  109  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.03 
 
 
474 aa  109  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  32.66 
 
 
454 aa  109  9.000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  28.62 
 
 
443 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.66 
 
 
446 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.61 
 
 
469 aa  108  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.41 
 
 
468 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.06 
 
 
472 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.84 
 
 
325 aa  107  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.16 
 
 
321 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0148  MesJ/Ycf62 family protein  29.95 
 
 
432 aa  105  9e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  32.84 
 
 
460 aa  105  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  30.82 
 
 
682 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.78 
 
 
336 aa  104  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.68 
 
 
445 aa  104  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.46 
 
 
489 aa  103  3e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.19 
 
 
325 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.5 
 
 
462 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.23 
 
 
491 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.95 
 
 
427 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.35 
 
 
344 aa  102  7e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  33.99 
 
 
431 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.71 
 
 
445 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.85 
 
 
460 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 
334 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  33.99 
 
 
431 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.9 
 
 
464 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.9 
 
 
464 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>