More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1960 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  58.33 
 
 
600 aa  740    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  64.35 
 
 
601 aa  746    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  59.79 
 
 
588 aa  713    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  100 
 
 
602 aa  1238    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  66.1 
 
 
618 aa  802    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  47.92 
 
 
585 aa  546  1e-154  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  45.67 
 
 
577 aa  520  1e-146  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.56 
 
 
580 aa  503  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.74 
 
 
572 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  44.85 
 
 
571 aa  499  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.91 
 
 
580 aa  496  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  44.21 
 
 
579 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  42.11 
 
 
582 aa  487  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  44.29 
 
 
571 aa  485  1e-135  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  42.4 
 
 
589 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.62 
 
 
583 aa  452  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  41.42 
 
 
572 aa  454  1.0000000000000001e-126  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.56 
 
 
586 aa  445  1e-123  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.83 
 
 
587 aa  437  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0591  ABC transporter-related protein  39.12 
 
 
566 aa  427  1e-118  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  43.64 
 
 
556 aa  426  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.23 
 
 
583 aa  425  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  40 
 
 
598 aa  420  1e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  37.9 
 
 
611 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.38 
 
 
597 aa  415  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.97 
 
 
579 aa  415  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  38.59 
 
 
611 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0580  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.81 
 
 
571 aa  404  1e-111  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.76 
 
 
574 aa  405  1e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.7 
 
 
582 aa  404  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3474  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.42 
 
 
596 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.81 
 
 
582 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  38.3 
 
 
611 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.46 
 
 
582 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.46 
 
 
582 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.46 
 
 
582 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  39.93 
 
 
605 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  38.63 
 
 
611 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.2 
 
 
581 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.46 
 
 
582 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0629  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  37.69 
 
 
587 aa  399  9.999999999999999e-111  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.18 
 
 
582 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.46 
 
 
582 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  39.65 
 
 
592 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0824  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  38.79 
 
 
580 aa  395  1e-109  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.370431  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0894  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  38.79 
 
 
580 aa  395  1e-109  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0612543  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  38.19 
 
 
609 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.18 
 
 
582 aa  392  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.18 
 
 
582 aa  392  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.33 
 
 
579 aa  394  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  37.67 
 
 
627 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.18 
 
 
582 aa  392  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  38.49 
 
 
571 aa  395  1e-108  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1461  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.18 
 
 
605 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  38.26 
 
 
591 aa  395  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1207  putative ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA  38.43 
 
 
580 aa  392  1e-107  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.272032  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  37.02 
 
 
609 aa  392  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2802  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  35.56 
 
 
601 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  35.22 
 
 
604 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0900  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.32 
 
 
583 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0510675  normal  0.909726 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.02 
 
 
574 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.02 
 
 
574 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.18 
 
 
610 aa  385  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.15 
 
 
582 aa  385  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0387  ABC transporter-related protein  39.13 
 
 
634 aa  383  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.112413  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2584  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.56 
 
 
600 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.544743  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1246  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.32 
 
 
606 aa  381  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1557  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.17 
 
 
602 aa  379  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  38.38 
 
 
578 aa  382  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.29 
 
 
590 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3781  ABC transporter, ATPase subunit  41.43 
 
 
626 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.411009 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0353  ABC transporter related  41.34 
 
 
639 aa  380  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.55 
 
 
587 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2422  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.5 
 
 
601 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2492  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.5 
 
 
601 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677361  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  38.38 
 
 
578 aa  382  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.33 
 
 
601 aa  378  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.9 
 
 
592 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.11 
 
 
594 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1337  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  35.69 
 
 
599 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.870575 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  35.14 
 
 
593 aa  377  1e-103  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  37.52 
 
 
575 aa  377  1e-103  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  36.95 
 
 
582 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.94 
 
 
582 aa  377  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.2758  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1770  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.04 
 
 
607 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0549134  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  37.39 
 
 
598 aa  378  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1403  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.96 
 
 
578 aa  372  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.83 
 
 
582 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0481  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.01 
 
 
600 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1803  ATPase  40.99 
 
 
649 aa  373  1e-102  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5732  transport protein MsbA  37.08 
 
 
603 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2388  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.56 
 
 
600 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.496768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>