More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0784 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  100 
 
 
251 aa  511  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  41.85 
 
 
256 aa  152  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2857  phosphoribosyltransferase  47.87 
 
 
274 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  42.27 
 
 
299 aa  149  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  42.06 
 
 
241 aa  148  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  41.36 
 
 
242 aa  146  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  45.11 
 
 
269 aa  145  7e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  37.66 
 
 
259 aa  140  2e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  37.19 
 
 
239 aa  134  2e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  39.13 
 
 
243 aa  132  4e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  36.73 
 
 
238 aa  132  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  37.72 
 
 
245 aa  132  7e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  36.16 
 
 
229 aa  131  1e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  38.1 
 
 
227 aa  131  1e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  37.5 
 
 
247 aa  129  4e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  37.5 
 
 
230 aa  129  4e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  40.99 
 
 
258 aa  128  9e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  36.36 
 
 
246 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  38.39 
 
 
233 aa  125  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  36.21 
 
 
255 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  37.66 
 
 
262 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  34.87 
 
 
243 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  36.54 
 
 
237 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.95242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  34.45 
 
 
243 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  39.73 
 
 
238 aa  122  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  35.4 
 
 
246 aa  119  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.03 
 
 
243 aa  117  1e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  31.11 
 
 
220 aa  116  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.9712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  36.05 
 
 
247 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.02 
 
 
246 aa  116  4e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  35.32 
 
 
279 aa  115  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  40.09 
 
 
239 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  34.67 
 
 
228 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  35.98 
 
 
226 aa  115  7e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  33.02 
 
 
245 aa  114  2e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  37.9 
 
 
253 aa  114  2e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  34.21 
 
 
270 aa  114  2e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  35.29 
 
 
249 aa  114  2e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  36.74 
 
 
233 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  34.26 
 
 
232 aa  113  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  39.37 
 
 
227 aa  113  4e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
244 aa  113  4e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  35.35 
 
 
233 aa  112  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  38.14 
 
 
248 aa  112  7e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  33.77 
 
 
271 aa  112  8e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  33.92 
 
 
236 aa  112  8e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  38.77 
 
 
241 aa  110  1e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  36.64 
 
 
233 aa  111  1e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  36.19 
 
 
239 aa  111  1e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0090  phosphoribosyltransferase  33.18 
 
 
220 aa  110  2e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  36.61 
 
 
255 aa  110  2e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  35.05 
 
 
262 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  36.32 
 
 
230 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  33.91 
 
 
261 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  34.35 
 
 
268 aa  109  4e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  38.29 
 
 
237 aa  109  4e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  35.38 
 
 
267 aa  109  4e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  34.36 
 
 
279 aa  109  4e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  34.35 
 
 
261 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  35.71 
 
 
239 aa  108  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  32.77 
 
 
244 aa  108  8e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  34.39 
 
 
276 aa  108  8e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.45098e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  31.67 
 
 
234 aa  108  9e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  31.67 
 
 
234 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.81 
 
 
239 aa  107  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  33.04 
 
 
258 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  35.1 
 
 
227 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  36.36 
 
 
227 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  36.09 
 
 
246 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  35.89 
 
 
227 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  37 
 
 
238 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  36.36 
 
 
227 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  36.36 
 
 
227 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  37.89 
 
 
241 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  35.89 
 
 
227 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  34.93 
 
 
286 aa  105  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  35.24 
 
 
245 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  35.98 
 
 
217 aa  105  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  37.17 
 
 
231 aa  105  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  36.06 
 
 
255 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  37.76 
 
 
240 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  32.54 
 
 
254 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  39.67 
 
 
213 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  34.58 
 
 
262 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  35.89 
 
 
227 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  34.93 
 
 
240 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  36.62 
 
 
269 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  34.43 
 
 
272 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  34.78 
 
 
243 aa  102  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3693  amidophosphoribosyl-transferase  36 
 
 
230 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1047  amidophosphoribosyltransferase family protein  42.58 
 
 
221 aa  102  7e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  31.44 
 
 
296 aa  102  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  34.98 
 
 
246 aa  102  9e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  34.05 
 
 
269 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.47 
 
 
215 aa  100  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  35.96 
 
 
268 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  35.96 
 
 
268 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  33.81 
 
 
227 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  36.87 
 
 
215 aa  99.8  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  35.43 
 
 
241 aa  99.8  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>