More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0556 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  388  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  79.89 
 
 		 189 aa  318  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  77.66 
 
 		 188 aa  300  1e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  57.98 
 
 		 188 aa  233  1.0000000000000001e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 209 aa  229  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  55.85 
 
 		 189 aa  209  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  50.53 
 
 		 189 aa  201  4e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  49.73 
 
 		 192 aa  180  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  45.7 
 
 		 192 aa  168  4e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  48.17 
 
 		 192 aa  167  8e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 192 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 192 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 192 aa  155  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 192 aa  154  6e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  37.97 
 
 		 192 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  38.17 
 
 		 191 aa  129  3e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  36.41 
 
 		 197 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  36.61 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  32.42 
 
 		 196 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 198 aa  104  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 204 aa  97.8  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 199 aa  97.1  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.81 
 
 		 199 aa  97.1  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 187 aa  90.9  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 178 aa  90.5  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 180 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 180 aa  89.4  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 187 aa  88.6  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  28.81 
 
 		 224 aa  87.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 212 aa  87  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 179 aa  85.9  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  28.25 
 
 		 187 aa  85.9  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  28.25 
 
 		 187 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  28.25 
 
 		 187 aa  85.9  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.69 
 
 		 189 aa  85.9  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  27.68 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  27.68 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  27.68 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  27.68 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  29.28 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  27.84 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  28.89 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  26.42 
 
 		 188 aa  80.9  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  28.96 
 
 		 503 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  31.74 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 181 aa  77.8  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  27.72 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  27.33 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  28.65 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  27.38 
 
 		 184 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 183 aa  75.9  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  25.56 
 
 		 180 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 170 aa  74.7  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 170 aa  74.7  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 180 aa  74.3  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  27.08 
 
 		 186 aa  74.3  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 181 aa  74.3  0.0000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  26.06 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 180 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>