More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3973 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  100 
 
 
338 aa  699  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  85.84 
 
 
341 aa  600  1e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.81496e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  81.21 
 
 
331 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  80.73 
 
 
328 aa  559  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  76.44 
 
 
333 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  7.82419e-07 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  71.08 
 
 
332 aa  501  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  71.21 
 
 
333 aa  501  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  70.78 
 
 
332 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  70.78 
 
 
332 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  71.08 
 
 
332 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  70.78 
 
 
332 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  70.21 
 
 
330 aa  488  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  70.21 
 
 
330 aa  488  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  70.21 
 
 
330 aa  488  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  69.91 
 
 
330 aa  486  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  69.91 
 
 
330 aa  484  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  69.91 
 
 
330 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  69.91 
 
 
330 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  56.67 
 
 
334 aa  390  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  54.24 
 
 
333 aa  373  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  53.47 
 
 
336 aa  372  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  53.47 
 
 
340 aa  371  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  53.33 
 
 
336 aa  364  1e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  53.31 
 
 
334 aa  357  2e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  50 
 
 
334 aa  349  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  49.7 
 
 
334 aa  346  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  48.48 
 
 
333 aa  345  4e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  49.7 
 
 
336 aa  341  1e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  50.15 
 
 
334 aa  335  7e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  47.88 
 
 
333 aa  333  3e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.99 
 
 
337 aa  327  1e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.87 
 
 
341 aa  325  9e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.26079e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.203e-08  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.94316e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.6163e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  46.57 
 
 
341 aa  323  2e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.37 
 
 
341 aa  315  5e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.67 
 
 
341 aa  313  3e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.67 
 
 
341 aa  313  3e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.67 
 
 
341 aa  313  3e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.37 
 
 
341 aa  312  7e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.85436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.37 
 
 
341 aa  312  7e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  6.5632e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.97 
 
 
341 aa  308  1e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  307  1e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.97 
 
 
341 aa  308  1e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  307  1e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.57 
 
 
341 aa  307  1e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.37 
 
 
341 aa  307  2e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.99 
 
 
341 aa  307  2e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  6.79153e-06 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.07 
 
 
341 aa  306  4e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  46.33 
 
 
353 aa  283  3e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  43.2 
 
 
357 aa  261  9e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  43.58 
 
 
332 aa  260  3e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  38.67 
 
 
335 aa  254  1e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  43.18 
 
 
333 aa  252  6e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  40.55 
 
 
342 aa  251  2e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  9.20501e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  42.44 
 
 
346 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  42.18 
 
 
347 aa  249  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  41.52 
 
 
346 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  41.21 
 
 
338 aa  245  7e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  40.61 
 
 
337 aa  244  2e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  39.34 
 
 
348 aa  242  7e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  41.21 
 
 
337 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  41.39 
 
 
338 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  40.29 
 
 
340 aa  239  7e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.76 
 
 
336 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  40.41 
 
 
340 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  40 
 
 
340 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  40.51 
 
 
337 aa  236  4e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 
343 aa  235  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  40.48 
 
 
334 aa  233  4e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 
340 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  40.29 
 
 
333 aa  230  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  1.8406e-05 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  40.61 
 
 
348 aa  229  6e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  6.57853e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.88 
 
 
330 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  39.16 
 
 
343 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  38.07 
 
 
339 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  39.04 
 
 
343 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  38.32 
 
 
346 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  37.72 
 
 
346 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  39.04 
 
 
343 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 
343 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  39.04 
 
 
343 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 
343 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  39.04 
 
 
343 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  36.97 
 
 
341 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.97 
 
 
341 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.97 
 
 
341 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.97 
 
 
341 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  36.97 
 
 
341 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.97 
 
 
341 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.97 
 
 
343 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.97 
 
 
343 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.61 
 
 
342 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  38.97 
 
 
343 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.54 
 
 
335 aa  223  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>