More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2066 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_2066  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  100 
 
 		 223 aa  453  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.751353  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1866  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  87.84 
 
 		 229 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2151  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  86.94 
 
 		 229 aa  403  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0601047  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1939  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  90.99 
 
 		 222 aa  394  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2013  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  85.65 
 
 		 223 aa  388  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.067134 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1608  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  83.78 
 
 		 223 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2855  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  83.78 
 
 		 223 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1715  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  83.33 
 
 		 223 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01128  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.910835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2517  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1995  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1250  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2473  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.751348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1293  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1308  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01136  hypothetical protein  80.72 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1643  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  79.37 
 
 		 224 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1591  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  80.27 
 
 		 223 aa  366  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245208 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1332  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  78.48 
 
 		 224 aa  362  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.137 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1310  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  78.48 
 
 		 224 aa  362  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.237463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2135  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  78.48 
 
 		 224 aa  362  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0423358 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1953  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  78.48 
 
 		 224 aa  362  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1348  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  78.48 
 
 		 224 aa  362  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.898819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  53.36 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  52.91 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 241 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 224 aa  216  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  49.78 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.78 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 225 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1791  two component transcriptional regulator  49.1 
 
 		 224 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.506547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 225 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 225 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 225 aa  210  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1746  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000480188  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2255  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 224 aa  208  6e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39138  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1724  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 227 aa  205  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235921 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1946  transcriptional regulatory protein PhoP  47.3 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1580  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 227 aa  205  5e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.128837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1655  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 227 aa  205  5e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.014875  hitchhiker  0.000274191 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 238 aa  204  7e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2614  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 227 aa  203  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2494  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 227 aa  203  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.178511  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1850  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.75 
 
 		 224 aa  203  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0826767  hitchhiker  0.000859255 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  48.2 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2486  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.61 
 
 		 224 aa  203  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2501  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 227 aa  203  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 223 aa  202  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 223 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  44.55 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 222 aa  192  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 225 aa  191  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  44.14 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.89 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  45.7 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  45.25 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 223 aa  189  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  43.44 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 223 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 223 aa  188  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.66 
 
 		 236 aa  187  9e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 225 aa  187  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 226 aa  187  9e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  44.75 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  44.04 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.21 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  44.09 
 
 		 225 aa  185  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 221 aa  185  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 230 aa  185  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  42.73 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  42.73 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 227 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0166  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.85 
 
 		 226 aa  181  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.18 
 
 		 227 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.55 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 223 aa  179  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 220 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  42.01 
 
 		 224 aa  178  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 231 aa  178  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 231 aa  177  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  42.92 
 
 		 221 aa  176  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>