More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1729 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  67.88 
 
 		 513 aa  709    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  67.88 
 
 		 513 aa  709    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  67.88 
 
 		 513 aa  709    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.69 
 
 		 513 aa  703    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  75.29 
 
 		 522 aa  813    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  100 
 
 		 522 aa  1060    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  66.15 
 
 		 514 aa  706    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.82 
 
 		 513 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.88 
 
 		 513 aa  710    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.88 
 
 		 513 aa  709    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  73.61 
 
 		 525 aa  794    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.82 
 
 		 513 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.82 
 
 		 513 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.88 
 
 		 513 aa  709    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.88 
 
 		 513 aa  709    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  75.67 
 
 		 522 aa  815    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  73.61 
 
 		 525 aa  794    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  73.8 
 
 		 523 aa  805    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.88 
 
 		 513 aa  709    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.82 
 
 		 513 aa  715    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  73.42 
 
 		 525 aa  792    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  86.02 
 
 		 536 aa  922    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.82 
 
 		 513 aa  716    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  53.68 
 
 		 513 aa  551  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  52.51 
 
 		 514 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  52.63 
 
 		 514 aa  537  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  50.78 
 
 		 515 aa  528  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  48.74 
 
 		 518 aa  513  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  49.81 
 
 		 518 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  47.88 
 
 		 512 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  47.39 
 
 		 512 aa  486  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  46.23 
 
 		 512 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  47.2 
 
 		 512 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  47.39 
 
 		 512 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  47 
 
 		 512 aa  482  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  47.59 
 
 		 514 aa  481  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  45.45 
 
 		 512 aa  474  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  45.37 
 
 		 513 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  45.65 
 
 		 512 aa  464  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  42.47 
 
 		 516 aa  453  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  45.22 
 
 		 520 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  44.77 
 
 		 517 aa  428  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  45.16 
 
 		 519 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  45.16 
 
 		 519 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  44.96 
 
 		 519 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  45.35 
 
 		 519 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  44.38 
 
 		 521 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.99 
 
 		 519 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  44.51 
 
 		 515 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  43.65 
 
 		 525 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  43.05 
 
 		 502 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  43.27 
 
 		 505 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.66 
 
 		 502 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  42.66 
 
 		 502 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  42.37 
 
 		 502 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  41.68 
 
 		 502 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  42.66 
 
 		 502 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.39 
 
 		 531 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  42.36 
 
 		 506 aa  372  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  42.94 
 
 		 511 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  42.75 
 
 		 511 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  42.17 
 
 		 510 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.67 
 
 		 532 aa  340  4e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.89 
 
 		 541 aa  299  7e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  34.92 
 
 		 527 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  47.42 
 
 		 313 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.59 
 
 		 540 aa  280  5e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.08 
 
 		 481 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 474 aa  247  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.76 
 
 		 481 aa  247  4e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.76 
 
 		 539 aa  247  4e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1758  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  31.49 
 
 		 498 aa  246  8e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 525 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.9 
 
 		 532 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.51 
 
 		 636 aa  244  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 495 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.01 
 
 		 495 aa  243  6e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.63 
 
 		 604 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.36 
 
 		 527 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.63 
 
 		 452 aa  240  4e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  36.19 
 
 		 461 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.87 
 
 		 710 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  36.19 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.19 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  36.19 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  36.19 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 		 698 aa  238  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.12 
 
 		 469 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 469 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.12 
 
 		 469 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2722  sigma-54 factor, interaction region  34.44 
 
 		 628 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.351091 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.21 
 
 		 471 aa  236  6e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2132  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.95 
 
 		 336 aa  236  6e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.36 
 
 		 525 aa  236  6e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>