More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1317 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  613  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  69.05 
 
 		 297 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  69.39 
 
 		 298 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  68.71 
 
 		 298 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  68.92 
 
 		 298 aa  385  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 304 aa  381  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  69.05 
 
 		 314 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 295 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 306 aa  271  7e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  52.67 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 301 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  46.79 
 
 		 323 aa  249  4e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 301 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 295 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 301 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  44.59 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 325 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 325 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 323 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 319 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 319 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 339 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 339 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 353 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  43.93 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  44.15 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 278 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  40.58 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 328 aa  176  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 333 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.78 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.67 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.6 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 342 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 309 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.86 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.53 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  34.95 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 315 aa  129  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 330 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.42 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  31.62 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.21 
 
 		 321 aa  126  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>