70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_4240 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  100 
 
 		 436 aa  901    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  32.28 
 
 		 372 aa  191  2.9999999999999997e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  36.27 
 
 		 402 aa  178  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  32.17 
 
 		 363 aa  156  6e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  35.85 
 
 		 500 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  33.55 
 
 		 420 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  35.09 
 
 		 392 aa  137  4e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  37.58 
 
 		 386 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  38.97 
 
 		 413 aa  130  7.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 		 408 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  34.5 
 
 		 403 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  31.27 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  37.71 
 
 		 578 aa  111  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.88 
 
 		 423 aa  106  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.92 
 
 		 390 aa  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  26.26 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  27.61 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  31.46 
 
 		 315 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  28.11 
 
 		 263 aa  92  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  31.32 
 
 		 576 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  36.25 
 
 		 563 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  36.25 
 
 		 561 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  27.45 
 
 		 400 aa  90.9  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  27.53 
 
 		 391 aa  90.1  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  33.94 
 
 		 381 aa  89  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  27.61 
 
 		 418 aa  89  1e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.69 
 
 		 642 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  28 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.22 
 
 		 402 aa  83.2  0.000000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.57 
 
 		 419 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.57 
 
 		 419 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.44 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.86 
 
 		 386 aa  82.4  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.64 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  31.05 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.83 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.23 
 
 		 393 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  24.32 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  26.2 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  25.97 
 
 		 360 aa  68.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.96 
 
 		 401 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1528  restriction modification system, type I  65.91 
 
 		 52 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.94 
 
 		 394 aa  62.4  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  25.83 
 
 		 565 aa  60.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  24.81 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 392 aa  60.1  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1530  hypothetical protein  70.73 
 
 		 50 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.65 
 
 		 464 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  24.87 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  28.77 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.38 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  22.34 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.24 
 
 		 490 aa  55.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.21 
 
 		 386 aa  53.9  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.61 
 
 		 386 aa  53.5  0.000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  29.49 
 
 		 396 aa  53.1  0.000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  24.75 
 
 		 340 aa  53.1  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  29.19 
 
 		 394 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.9 
 
 		 237 aa  50.8  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  22.46 
 
 		 387 aa  50.4  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  25.42 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.82 
 
 		 479 aa  48.5  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  29.03 
 
 		 459 aa  45.8  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  22.31 
 
 		 400 aa  45.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  21.5 
 
 		 447 aa  44.3  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  20.81 
 
 		 547 aa  43.9  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.4 
 
 		 477 aa  43.1  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.78 
 
 		 426 aa  43.1  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>