130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_3673 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 459 aa  944    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  49.58 
 
 		 469 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.31 
 
 		 464 aa  220  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.41 
 
 		 471 aa  213  7.999999999999999e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  28.88 
 
 		 412 aa  190  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  40 
 
 		 435 aa  188  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  31.12 
 
 		 495 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  31.78 
 
 		 587 aa  179  9e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.26 
 
 		 493 aa  177  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  45.45 
 
 		 236 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.64 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  38.29 
 
 		 564 aa  150  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  38.86 
 
 		 575 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  26.68 
 
 		 429 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.56 
 
 		 565 aa  136  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  27.17 
 
 		 501 aa  133  7.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  34.36 
 
 		 597 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  34.78 
 
 		 538 aa  129  8.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  33.98 
 
 		 463 aa  126  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  38.33 
 
 		 396 aa  124  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  42.76 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.5 
 
 		 532 aa  120  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.17 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  35.29 
 
 		 846 aa  114  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  28.51 
 
 		 374 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  26.23 
 
 		 457 aa  103  5e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  31.46 
 
 		 417 aa  103  6e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  32.04 
 
 		 487 aa  102  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  30.35 
 
 		 412 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  29.28 
 
 		 460 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  25.81 
 
 		 450 aa  99.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 391 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.61 
 
 		 444 aa  94  6e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  31.43 
 
 		 434 aa  87.4  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  30.66 
 
 		 398 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.98 
 
 		 429 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  27.42 
 
 		 425 aa  85.5  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  30.82 
 
 		 430 aa  82.8  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  32.73 
 
 		 649 aa  81.3  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.6 
 
 		 492 aa  80.1  0.00000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 		 442 aa  78.6  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.69 
 
 		 479 aa  77  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.93 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  27.98 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.08 
 
 		 477 aa  73.9  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  31.07 
 
 		 549 aa  73.6  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  27.13 
 
 		 547 aa  73.6  0.000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.03 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.03 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.29 
 
 		 439 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  30.82 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.96 
 
 		 445 aa  70.5  0.00000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  24.15 
 
 		 444 aa  70.1  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  35.12 
 
 		 490 aa  70.1  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.32 
 
 		 476 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  27.2 
 
 		 595 aa  68.2  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  28.89 
 
 		 405 aa  67  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.98 
 
 		 495 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  25.2 
 
 		 418 aa  64.7  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  25.74 
 
 		 514 aa  64.3  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.54 
 
 		 400 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.86 
 
 		 406 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.66 
 
 		 400 aa  62  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.61 
 
 		 401 aa  62  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  25.91 
 
 		 612 aa  61.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.79 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  30.2 
 
 		 429 aa  61.2  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 		 511 aa  59.3  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  22.19 
 
 		 436 aa  57.8  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  21.12 
 
 		 387 aa  56.6  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 392 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  22.32 
 
 		 416 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  27.59 
 
 		 590 aa  54.7  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.49 
 
 		 413 aa  54.7  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  22.54 
 
 		 405 aa  55.1  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  22.96 
 
 		 633 aa  54.3  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.72 
 
 		 427 aa  54.7  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  29.79 
 
 		 453 aa  54.3  0.000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 		 392 aa  53.1  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 454 aa  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  21.08 
 
 		 400 aa  52.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  21.23 
 
 		 442 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  23.33 
 
 		 430 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.63 
 
 		 417 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  20.14 
 
 		 419 aa  50.8  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  21.6 
 
 		 393 aa  50.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.47 
 
 		 428 aa  50.4  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  23.66 
 
 		 290 aa  50.4  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.89 
 
 		 388 aa  50.4  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  22.59 
 
 		 363 aa  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 372 aa  49.7  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 		 385 aa  49.7  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.46 
 
 		 441 aa  49.7  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  26.13 
 
 		 425 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.91 
 
 		 413 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  22.93 
 
 		 368 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.06 
 
 		 462 aa  48.5  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  22.69 
 
 		 399 aa  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  29.17 
 
 		 447 aa  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.95 
 
 		 456 aa  48.5  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>