224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0033 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  3.78947e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  6.56086e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  89.04 
 
 
77 bp  81.8  2e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  6.3734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  94 
 
 
77 bp  75.8  1e-12  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  87.67 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  5e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  87.32 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  2.45079e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  69.9  8e-11  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  92 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  88.71 
 
 
77 bp  67.9  3e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  86.49 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  86.3 
 
 
77 bp  65.9  1e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  63.9  5e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  2e-08  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  94.87 
 
 
79 bp  61.9  2e-08  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  8e-08  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  4.41917e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  85.51 
 
 
77 bp  58  3e-07  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  91.11 
 
 
77 bp  58  3e-07  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  3e-07  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  3e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.51392e-12  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  3e-07  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  85.51 
 
 
77 bp  58  3e-07  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  3e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0038  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  1e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0257046  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  89.58 
 
 
77 bp  56  1e-06  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  3.76557e-08  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  5e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.06891e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  5e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.44377e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0037  tRNA-Arg  86.44 
 
 
74 bp  54  5e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  5e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  89.36 
 
 
77 bp  54  5e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  54  5e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  9.62108e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  96.67 
 
 
76 bp  52  2e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  2e-05  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  2e-05  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0009  tRNA-Arg  84.62 
 
 
78 bp  52  2e-05  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  1.33621e-14  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.14151e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  83.56 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0032  tRNA-Arg  93.94 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  6.49566e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.23271e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  3.57369e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  9.65131e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0097  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.31454e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.3333e-05  hitchhiker  8.10038e-05 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0084  tRNA-Arg  93.94 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  1.44766e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  3.15213e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  83.56 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.22334e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  83.56 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  83.56 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.47728e-11  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  83.56 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.31784e-08  decreased coverage  2.20654e-07 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  2.7529e-12  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.31099e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.31563e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.84792e-07  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.21106e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.71368e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.99679e-09  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  8e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.04257e-07  normal  0.0490719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>