More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3146 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3146  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 241 aa  494  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000023856  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0921  regulatory protein GntR HTH  43.69 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228784  normal  0.888898 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.12 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0512  regulatory protein GntR, HTH  28.93 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0366232 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0503  regulatory protein GntR HTH  25 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.290884  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  32.52 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1614  GntR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 224 aa  68.6  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.250023  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  58.33 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  51.56 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  26.7 
 
 		 254 aa  67  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  50 
 
 		 250 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  50 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  55.74 
 
 		 254 aa  67  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  50 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  54.1 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  35.82 
 
 		 254 aa  65.5  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  35.82 
 
 		 254 aa  65.5  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  28.91 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  35.82 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  26.58 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2998  GntR domain-containing protein  27.96 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000296609 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  26.13 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 288 aa  62  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  45.31 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15470  regulatory protein GntR HTH  42.65 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230103  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  45.9 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  24.4 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  27.23 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  28.72 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  47.54 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 270 aa  58.9  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  40.7 
 
 		 270 aa  58.9  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  29.02 
 
 		 271 aa  58.5  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5729  GntR-like  28.51 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6093  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6576  GntR domain-containing protein  28.51 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0880698  normal  0.0348714 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  25.23 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  54 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  25.88 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.23 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  32.74 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  30.05 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  26.34 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5458  GntR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  29.9 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  39.06 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  43.1 
 
 		 250 aa  57  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2132  GntR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  32.64 
 
 		 268 aa  57  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5340  GntR domain protein  26.92 
 
 		 241 aa  57  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0345729 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  27.96 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4324  GntR domain-containing protein  30.3 
 
 		 260 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.133049 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  48.33 
 
 		 285 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  49.12 
 
 		 255 aa  57  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  29.95 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  28.19 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>