292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3096 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3096  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 384 aa  790    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00256745  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.52 
 
 		 384 aa  442  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0006  DNA polymerase III, beta subunit  52.08 
 
 		 384 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.590435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2082  DNA polymerase III, beta subunit  50.52 
 
 		 388 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2471  DNA polymerase III, beta subunit  50.26 
 
 		 393 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000269887  decreased coverage  0.0000186716 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0004  DNA polymerase III, beta subunit  44.27 
 
 		 384 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  24.94 
 
 		 372 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  24.94 
 
 		 372 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.01 
 
 		 373 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.87 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.48 
 
 		 373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  23.22 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  24.94 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.81 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.55 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.24 
 
 		 372 aa  114  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  23.68 
 
 		 412 aa  112  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.02 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  23.61 
 
 		 372 aa  110  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.81 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.23 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.23 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.55 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  21.11 
 
 		 397 aa  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.11 
 
 		 397 aa  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.02 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.96 
 
 		 373 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  23.54 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  22.63 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  22.63 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  21.58 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.1 
 
 		 372 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.37 
 
 		 373 aa  103  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.81 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  23.1 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  23.12 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  21.84 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.13 
 
 		 372 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.64 
 
 		 373 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  21.64 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  20.32 
 
 		 385 aa  99.8  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.62 
 
 		 376 aa  99.4  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.28 
 
 		 365 aa  99.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.78 
 
 		 373 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  21.47 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  21.49 
 
 		 367 aa  97.8  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23 
 
 		 372 aa  95.9  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0094  DNA polymerase III, beta subunit  21.91 
 
 		 377 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000475987  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  24.27 
 
 		 362 aa  94  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  21.49 
 
 		 366 aa  91.3  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.63 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.31 
 
 		 372 aa  89.7  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  23.81 
 
 		 366 aa  89.7  8e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  21.95 
 
 		 374 aa  88.2  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  22.42 
 
 		 382 aa  87.8  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2688  DNA polymerase III, beta subunit  22.49 
 
 		 369 aa  87.4  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0188688  hitchhiker  0.00114167 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.22 
 
 		 373 aa  87  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  22.82 
 
 		 371 aa  87  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.69 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.69 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.69 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.69 
 
 		 366 aa  86.7  7e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  24.46 
 
 		 367 aa  86.3  8e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  24.77 
 
 		 366 aa  86.3  8e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  19.27 
 
 		 376 aa  86.3  8e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  21.07 
 
 		 366 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  20.21 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  21.72 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.72 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 367 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.68 
 
 		 370 aa  84.3  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.75 
 
 		 366 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  20.63 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.8 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.8 
 
 		 370 aa  83.6  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  21.54 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  19.84 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  19.26 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  21.84 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  23.02 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  22.84 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  19.29 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  19.26 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  21.64 
 
 		 367 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.59 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  24.61 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  19.73 
 
 		 366 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.47 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  21.47 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  21 
 
 		 365 aa  79.7  0.00000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  20.27 
 
 		 366 aa  80.1  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>