More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2965 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
441 aa  891  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.94 
 
 
438 aa  485  1e-136  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0506  hypothetical protein  56.36 
 
 
430 aa  482  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54.52 
 
 
442 aa  463  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0234  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.81 
 
 
430 aa  463  1e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00117133  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1701  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  52.93 
 
 
461 aa  438  1e-122  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.24 
 
 
444 aa  320  3e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.82 
 
 
442 aa  319  5e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  9.336e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  36.49 
 
 
445 aa  317  3e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.49 
 
 
445 aa  316  5e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.26 
 
 
430 aa  313  4e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  41.7 
 
 
439 aa  312  7e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.77 
 
 
448 aa  311  2e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.99844e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.64 
 
 
469 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.09 
 
 
448 aa  311  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.30586e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.64 
 
 
448 aa  310  5e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  7.54849e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.12 
 
 
470 aa  308  1e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.18 
 
 
469 aa  308  1e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.83 
 
 
436 aa  308  1e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  43.54 
 
 
483 aa  308  2e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  42.66 
 
 
432 aa  305  1e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.64 
 
 
447 aa  304  3e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.47 
 
 
486 aa  303  3e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.67 
 
 
453 aa  303  5e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  1.62674e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
444 aa  302  1e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.89 
 
 
463 aa  301  2e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.64 
 
 
440 aa  300  3e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  7.30864e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.87 
 
 
442 aa  300  5e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.0077e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  40.13 
 
 
455 aa  298  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.28 
 
 
487 aa  298  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  38.11 
 
 
504 aa  297  3e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.53 
 
 
446 aa  296  4e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  2.58003e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.36 
 
 
445 aa  295  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.3464e-13  hitchhiker  3.00152e-20 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.94 
 
 
446 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.43108e-05  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.1 
 
 
444 aa  294  2e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  39.15 
 
 
435 aa  290  3e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.89 
 
 
449 aa  290  3e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.92 
 
 
440 aa  289  8e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.98883e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.76 
 
 
441 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.76 
 
 
441 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.76 
 
 
441 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.76 
 
 
441 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.18 
 
 
436 aa  288  2e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.8 
 
 
472 aa  286  4e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  37.81 
 
 
452 aa  286  7e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.36 
 
 
481 aa  286  7e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.81 
 
 
450 aa  286  7e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.16014e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.58 
 
 
472 aa  285  9e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.86 
 
 
437 aa  285  1e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.14 
 
 
476 aa  284  2e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.58 
 
 
472 aa  284  2e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.14 
 
 
476 aa  284  2e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.14 
 
 
480 aa  284  2e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  285  2e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  38.89 
 
 
450 aa  285  2e-75  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.36 
 
 
472 aa  285  2e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.58 
 
 
472 aa  284  2e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.58 
 
 
493 aa  283  4e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.64 
 
 
440 aa  283  4e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.34 
 
 
433 aa  282  1e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  39.18 
 
 
440 aa  281  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  37.81 
 
 
462 aa  281  2e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.67 
 
 
438 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.41 
 
 
436 aa  279  7e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.04 
 
 
450 aa  279  8e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.59 
 
 
441 aa  279  8e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  37.11 
 
 
466 aa  278  1e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  38.86 
 
 
458 aa  277  2e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.32 
 
 
444 aa  276  5e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
437 aa  276  6e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40 
 
 
442 aa  276  6e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  38.74 
 
 
437 aa  275  1e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  37.84 
 
 
472 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.61 
 
 
440 aa  271  1e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.81 
 
 
430 aa  271  1e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.85 
 
 
467 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.29 
 
 
467 aa  271  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.43 
 
 
458 aa  270  4e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.29 
 
 
457 aa  270  4e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.31 
 
 
469 aa  270  5e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  5.07978e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
450 aa  270  5e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.9 
 
 
430 aa  269  7e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  1.36513e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.96 
 
 
437 aa  268  1e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  37.89 
 
 
440 aa  268  1e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  34.78 
 
 
454 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  34.78 
 
 
471 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  34.22 
 
 
454 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  35.24 
 
 
454 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.97 
 
 
431 aa  264  2e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38 
 
 
470 aa  264  3e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.22 
 
 
443 aa  263  5e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>