More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2616 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 		 577 aa  1135    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  64.41 
 
 		 662 aa  722    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  58.52 
 
 		 646 aa  632  1e-180  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  47.18 
 
 		 669 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  49.32 
 
 		 668 aa  444  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  47.25 
 
 		 666 aa  445  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.38 
 
 		 669 aa  444  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  47.68 
 
 		 666 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  45.6 
 
 		 667 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  45.36 
 
 		 669 aa  434  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  48.95 
 
 		 663 aa  419  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.61 
 
 		 660 aa  392  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  46.08 
 
 		 654 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  42.49 
 
 		 661 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  41.39 
 
 		 666 aa  374  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.29 
 
 		 659 aa  360  5e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  38.84 
 
 		 673 aa  357  1.9999999999999998e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.12 
 
 		 659 aa  355  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  46.26 
 
 		 654 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  42.15 
 
 		 683 aa  347  4e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  40.75 
 
 		 665 aa  346  5e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  51.76 
 
 		 654 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  40.51 
 
 		 672 aa  336  5.999999999999999e-91  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.82 
 
 		 661 aa  332  1e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  38.83 
 
 		 723 aa  326  9e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  40.1 
 
 		 673 aa  325  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  37.56 
 
 		 672 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  39.59 
 
 		 671 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  37.56 
 
 		 672 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  37.56 
 
 		 672 aa  319  7e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  37.4 
 
 		 672 aa  319  1e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  37.4 
 
 		 672 aa  318  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  52.38 
 
 		 654 aa  316  6e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  37.07 
 
 		 672 aa  316  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.25 
 
 		 688 aa  315  1.9999999999999998e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  35.67 
 
 		 644 aa  312  1e-83  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  39.77 
 
 		 679 aa  310  4e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  34.93 
 
 		 644 aa  301  2e-80  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  37.68 
 
 		 617 aa  298  2e-79  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  33.94 
 
 		 662 aa  293  6e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  40.22 
 
 		 687 aa  293  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  39.7 
 
 		 669 aa  290  6e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  37.36 
 
 		 748 aa  288  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  37.37 
 
 		 669 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  36.64 
 
 		 674 aa  287  4e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  36.52 
 
 		 674 aa  287  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  33.56 
 
 		 655 aa  286  5e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  33.39 
 
 		 655 aa  285  1.0000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  36.87 
 
 		 669 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  38.27 
 
 		 672 aa  282  9e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  33.96 
 
 		 643 aa  281  2e-74  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  38.44 
 
 		 672 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  36.13 
 
 		 637 aa  276  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  36.58 
 
 		 669 aa  276  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  35.45 
 
 		 674 aa  276  9e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  36.44 
 
 		 682 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  40.75 
 
 		 737 aa  274  3e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  38.22 
 
 		 668 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  38.12 
 
 		 681 aa  272  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  34.19 
 
 		 649 aa  271  2e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  44.64 
 
 		 666 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  44.27 
 
 		 665 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  37.44 
 
 		 668 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  37.44 
 
 		 668 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  34.71 
 
 		 671 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  42.97 
 
 		 666 aa  252  1e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  29.64 
 
 		 650 aa  249  7e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.38 
 
 		 662 aa  248  2e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  30.2 
 
 		 633 aa  247  4.9999999999999997e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  35.05 
 
 		 674 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3780  NADH dehydrogenase (quinone)  39.03 
 
 		 670 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0116247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.65 
 
 		 646 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  37.92 
 
 		 660 aa  230  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  37.92 
 
 		 660 aa  230  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  36.39 
 
 		 671 aa  229  9e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  36.48 
 
 		 664 aa  228  3e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.49 
 
 		 674 aa  224  3e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  33.4 
 
 		 608 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  31.03 
 
 		 633 aa  207  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  31.03 
 
 		 633 aa  207  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  36.94 
 
 		 640 aa  201  3e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  33.59 
 
 		 608 aa  199  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  33.4 
 
 		 608 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  33.4 
 
 		 608 aa  198  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  33.4 
 
 		 608 aa  198  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  34.53 
 
 		 608 aa  195  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.180245 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  34.53 
 
 		 608 aa  194  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  34.53 
 
 		 608 aa  193  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  34.53 
 
 		 608 aa  193  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264273 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  34.53 
 
 		 608 aa  193  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  34.53 
 
 		 608 aa  193  7e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  34.53 
 
 		 608 aa  193  8e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  34.99 
 
 		 622 aa  190  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.31 
 
 		 523 aa  188  2e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.93 
 
 		 522 aa  188  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  33.72 
 
 		 608 aa  187  7e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.35 
 
 		 525 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  31.59 
 
 		 500 aa  181  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  33.83 
 
 		 748 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  34.8 
 
 		 1264 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>