More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1872 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
357 aa  717    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1131  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.4 
 
 
367 aa  279  7e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.11 
 
 
358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.63 
 
 
358 aa  271  1e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.15 
 
 
358 aa  271  2e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.87 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.87 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.53 
 
 
353 aa  268  2e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46.69 
 
 
353 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.66 
 
 
355 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.83 
 
 
352 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.38 
 
 
360 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46 
 
 
357 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.59 
 
 
366 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46 
 
 
361 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  46 
 
 
361 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.73 
 
 
362 aa  260  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  45.98 
 
 
357 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.56 
 
 
357 aa  259  6e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.56 
 
 
391 aa  258  8e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  45.53 
 
 
360 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
358 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.57 
 
 
372 aa  257  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.64 
 
 
356 aa  256  6e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.86 
 
 
351 aa  255  7e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39 
 
 
359 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.12 
 
 
395 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.55 
 
 
358 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.67 
 
 
359 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.67 
 
 
359 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.93 
 
 
372 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.28 
 
 
359 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.81 
 
 
364 aa  253  3e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.15 
 
 
354 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.4 
 
 
359 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.14 
 
 
357 aa  252  9.000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.72 
 
 
379 aa  251  1e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.86 
 
 
354 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
357 aa  251  2e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.32 
 
 
362 aa  250  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.44 
 
 
365 aa  250  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.41 
 
 
351 aa  249  7e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.99 
 
 
351 aa  248  9e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.12 
 
 
351 aa  248  1e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  48.2 
 
 
361 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.6 
 
 
360 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.53 
 
 
357 aa  245  6.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  40.18 
 
 
361 aa  243  5e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.29 
 
 
366 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.38 
 
 
364 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.35 
 
 
358 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  42.58 
 
 
368 aa  239  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42 
 
 
368 aa  239  5e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.57 
 
 
361 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.22 
 
 
365 aa  237  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  37.7 
 
 
362 aa  237  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.92 
 
 
361 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  39.27 
 
 
365 aa  236  7e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.91 
 
 
367 aa  235  7e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.37 
 
 
359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2715  CDP-glucose 4,6-dehydratase  44.54 
 
 
366 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.525402  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.71 
 
 
371 aa  232  9e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.35 
 
 
368 aa  232  9e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.43 
 
 
371 aa  230  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.7 
 
 
386 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.824232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1258  CDP-glucose 4,6-dehydratase  47.89 
 
 
364 aa  230  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  43.88 
 
 
368 aa  229  8e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3334  CDP-glucose 4,6-dehydratase  40.41 
 
 
386 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.79 
 
 
362 aa  227  3e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  42.33 
 
 
366 aa  226  5.0000000000000005e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.48 
 
 
362 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  41.71 
 
 
369 aa  225  8e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0387  CDP-glucose 4,6-dehydratase  38.11 
 
 
367 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.57 
 
 
366 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.41 
 
 
367 aa  209  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
324 aa  166  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
331 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
406 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
329 aa  116  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.34 
 
 
350 aa  108  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
340 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30 
 
 
294 aa  99.8  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
294 aa  99.8  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.5 
 
 
336 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 
328 aa  97.4  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2670  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.11 
 
 
352 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.27766  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4003  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.11 
 
 
352 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.79 
 
 
352 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2393  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.83 
 
 
352 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.462988 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3691  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.83 
 
 
352 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.139305  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.41 
 
 
367 aa  96.3  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
333 aa  95.9  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.41 
 
 
336 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
326 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.59 
 
 
341 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.71 
 
 
340 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.45 
 
 
336 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
326 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
326 aa  94.7  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>